PDB-4zwx: Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with glucosyl s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwx

タイトル

Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with glucosyl sulfamate inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / Carbonic Anhydrase IX mimic / glucosyl sulfamate / complex / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.696 Å

データ登録者

Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Salguero, A.L. / McKenna, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mapping Selective Inhibition of the Cancer-Related Carbonic Anhydrase IX Using Structure-Activity Relationships of Glucosyl-Based Sulfamates.
著者: Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Ladwig, J. / Rankin, G.M. / Driscoll, J.M. / Salguero, A.L. / Pinard, M.A. / Vullo, D. / Supuran, C.T. / Poulsen, S.A. / McKenna, R.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwx.cif.gz	130.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwx.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zwx_validation.pdf.gz	702.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zwx_full_validation.pdf.gz	711.2 KB	表示
XML形式データ	4zwx_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4zwx_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwyC 4zwzC 4zx0C 4zx1C 4zwi C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q8x-d 5t72-d 3p4v-d 3t84-d 4yxo-d 5doh-2 4zx1-d 2wd3-d 4jss-d 6eeo-d 3kon-d 3t83-d 4yxu-d 4ruy-d 5wgp-d 1okl-d 6t4n-d 7k6i-d 3ryv-d 4m2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.838, 41.282, 71.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-260 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-5KZ / (1S)-2,3,4,6-tetra-O-acetyl-1,5-anhydro-1-{[5-(sulfamoyloxy)pentyl]sulfamoyl}-D-allitol 分子量: 576.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₂N₂O₁₄S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCL, pH 7.8 / PH範囲: 7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.696→19.787 Å / Num. obs: 36753 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.793 / Net I/av σ(I): 20.496 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 91156

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	3.9	0.573	1235	0.732	0.327	0.662	0.441	93.7
1.73-1.76	3.8	0.506	1219	0.748	0.292	0.586	0.504	93.3
1.76-1.79	3.8	0.466	1244	0.787	0.269	0.54	0.692	94.1
1.79-1.83	3.8	0.354	1226	0.861	0.207	0.412	0.576	94.5
1.83-1.87	3.8	0.293	1232	0.883	0.17	0.34	0.668	94
1.87-1.91	3.8	0.249	1246	0.903	0.147	0.29	0.733	94.3
1.91-1.96	3.7	0.209	1242	0.929	0.125	0.244	0.866	94.2
1.96-2.02	3.7	0.19	1234	0.927	0.115	0.223	0.963	93.6
2.02-2.07	3.6	0.16	1235	0.948	0.098	0.188	0.949	93.7
2.07-2.14	3.6	0.126	1206	0.959	0.077	0.149	1.001	93.3
2.14-2.22	3.6	0.103	1250	0.971	0.063	0.121	0.977	93.6
2.22-2.31	3.6	0.088	1231	0.978	0.053	0.103	0.979	92.3
2.31-2.41	3.6	0.068	1196	0.987	0.041	0.079	0.844	91.7
2.41-2.54	3.6	0.059	1219	0.991	0.034	0.068	0.752	92.1
2.54-2.7	3.5	0.052	1249	0.993	0.032	0.062	0.61	93.3
2.7-2.9	3.6	0.04	1235	0.995	0.024	0.047	0.772	93.6
2.9-3.2	3.5	0.036	1259	0.996	0.022	0.043	0.436	93.7
3.2-3.66	3.5	0.035	1246	0.993	0.022	0.042	0.721	93.4
3.66-4.6	3.8	0.036	1242	0.993	0.022	0.042	0.946	91.3
4.6-20	3.9	0.03	1357	0.997	0.017	0.035	1.379	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2097: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.696→19.787 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2121	1177	4.96 %	Random selection
R_work	0.1742	-	-	-
obs	0.1761	36753	71.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.696→19.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	46	193	2281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.698	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.184	2227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.696-1.7418	0.2548	87	0.2279	1672	X-RAY DIFFRACTION	44
1.7418-1.7931	0.2993	91	0.2119	1732	X-RAY DIFFRACTION	46
1.7931-1.8509	0.185	98	0.1964	1774	X-RAY DIFFRACTION	48
1.8509-1.917	0.2225	101	0.2051	2009	X-RAY DIFFRACTION	53
1.917-1.9937	0.2308	117	0.1809	2248	X-RAY DIFFRACTION	60
1.9937-2.0843	0.1964	142	0.173	2599	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0843-2.1941	0.2154	159	0.1718	3030	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1941-2.3313	0.2089	167	0.1786	3184	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3313-2.511	0.2576	166	0.1789	3231	X-RAY DIFFRACTION	86
2.511-2.7631	0.2293	166	0.1918	3313	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7631-3.1615	0.2156	184	0.1874	3289	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1615-3.9779	0.2041	171	0.1581	3295	X-RAY DIFFRACTION	88
3.9779-19.7886	0.1787	173	0.1509	3555	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.7721 Å / Origin y: -0.3685 Å / Origin z: 85.2459 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0936 Å²	0.0049 Å²	0.0073 Å²	-	0.0888 Å²	0.0016 Å²	-	-	0.0917 Å²
L	1.1256 °²	-0.0175 °²	0.334 °²	-	0.87 °²	-0.0172 °²	-	-	0.8541 °²
S	-0.0217 Å °	-0.0061 Å °	0.0303 Å °	-0.0317 Å °	0.0158 Å °	0.0164 Å °	-0.0123 Å °	0.0312 Å °	0.0011 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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