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- PDB-4zwr: Crystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zwr
タイトルCrystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator protein UvsY, Lattice Type II
要素Recombination protein uvsY
キーワードVIRAL PROTEIN / recombination / DNA binding / homo-heptamer / asymmetry / alpha barrel
機能・相同性Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / DNA biosynthetic process / DNA recombination / DNA binding / Recombination protein uvsY
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3857 Å
データ登録者Gajewski, S. / White, S.W.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066934 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA21765 米国
American Lebanese-Syrian Associated Charities (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure and mechanism of the phage T4 recombination mediator protein UvsY.
著者: Gajewski, S. / Waddell, M.B. / Vaithiyalingam, S. / Nourse, A. / Li, Z. / Woetzel, N. / Alexander, N. / Meiler, J. / White, S.W.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein uvsY
B: Recombination protein uvsY
C: Recombination protein uvsY
D: Recombination protein uvsY
E: Recombination protein uvsY
F: Recombination protein uvsY
G: Recombination protein uvsY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5547
ポリマ－128,5547
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17060 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.600, 123.830, 302.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C and (resseq 0:136 )
21chain B and (resseq 0:135 )
31chain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )
41chain D and (resseq 0:134 )
51chain E and (resseq 0:136 )
61chain F and (resseq 0:136 )
12chain C
22chain B
32chain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )
42chain D
52chain E
62chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISGLYGLYchain C and (resseq 0:136 )CC0 - 13620 - 156
211HISHISALAALAchain B and (resseq 0:135 )BB0 - 13520 - 155
311MSEMSESERSERchain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )AA1 - 6521 - 85
321PHEPHEALAALAchain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )AA73 - 13593 - 155
411HISHISGLUGLUchain D and (resseq 0:134 )DD0 - 13420 - 154
511HISHISGLYGLYchain E and (resseq 0:136 )EE0 - 13620 - 156
611HISHISGLYGLYchain F and (resseq 0:136 )FF0 - 13620 - 156
112HISHISGLYGLYchain CCC0 - 13620 - 156
212HISHISALAALAchain BBB0 - 13520 - 155
312MSEMSESERSERchain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )AA1 - 6521 - 85
322PHEPHEALAALAchain A and (resseq 1:65 or resseq 73:135 )AA73 - 13593 - 155
412HISHISGLUGLUchain DDD0 - 13420 - 154
512HISHISGLYGLYchain EEE0 - 13620 - 156
612HISHISGLYGLYchain FFF0 - 13620 - 156

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Recombination protein uvsY


分子量: 18364.889 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: uvsY / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04537
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1:1 Se-Met-labeled UvsY (12 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 18% MPD, 225 mM sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.4, sample subjected to reductive alkylation with ...詳細: 1:1 Se-Met-labeled UvsY (12 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 18% MPD, 225 mM sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.4, sample subjected to reductive alkylation with formaldehyde prior to crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月8日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3857→20 Å / Num. obs: 14057 / % possible obs: 63.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 87.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.396 / Net I/av σ(I): 16.8 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 93454
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
3.3857-3.526.60.9381.761590.7850.3930.6137.4
3.52-3.666.80.7073590.8850.2910.65716.70.766
3.66-3.836.80.7056820.8670.290.72731.20.763
3.83-4.036.90.64810410.9090.2670.77747.90.702
4.03-4.2870.38713390.9690.1570.97361.60.418
4.28-4.66.90.29516790.990.1231.0476.60.32
4.6-5.066.40.21120290.9910.0891.27192.50.23
5.06-5.786.40.22722150.9890.0951.26699.70.246
5.78-7.226.60.17622410.9840.0731.6331000.191
7.22-206.60.1123130.9930.0462.5999.60.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3857→19.911 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE X-RAY DIFFRACTION DATA EXHIBITED STRONG ANISOTROPY. REFINEMENT WAS PERFORMED AGAINST ELLIPTICALLY TRUNCATED DATA (RESOLUTION LIMITS OF 1/5.0, 1/3.8, AND 1/3.4 A IN A*, B*, C*, ...詳細: THE X-RAY DIFFRACTION DATA EXHIBITED STRONG ANISOTROPY. REFINEMENT WAS PERFORMED AGAINST ELLIPTICALLY TRUNCATED DATA (RESOLUTION LIMITS OF 1/5.0, 1/3.8, AND 1/3.4 A IN A*, B*, C*, RESPECTIVELY) CORRECTED BY ANISOTROPIC SCALE FACTORS AND AN ISOTROPIC B OF -52.54 A2 USING THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER (STRONG ET AL., 2006).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 698 5 %
Rwork0.2391 13260 -
obs0.2405 13958 61.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 291.64 Å2 / Biso mean: 95.6672 Å2 / Biso min: 32.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3857→19.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6850 0 0 0 6850
残基数----926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0016946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3339379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0131079
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0042405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1029X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
12B1029X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
13A968X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
14D1026X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
15E1018X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
16F965X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
21C1029X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
22B1029X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
23A968X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
24D1026X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
25E1018X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
26F965X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3857-3.64560.3719350.36293714069
3.6456-4.00980.4088700.32541513158335
4.0098-4.58390.28581400.24262835297566
4.5839-5.7520.2812100.24974110432095
5.752-19.91160.2282430.21364431467499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1179-0.14720.03510.6881-0.30560.13950.1054-0.5676-0.45750.12890.30030.171-0.2182-0.5859-0.00030.9158-0.15770.05290.81550.10580.6377-1.132465.5804133.7272
20.47320.6088-0.54980.852-0.81620.94050.24820.4787-0.7565-0.39150.85011.01981.3069-1.33680.19410.9733-0.361-0.11750.69380.28280.7764-14.144865.2123100.7164
30.61520.0017-0.56180.2161-0.18910.6846-0.14220.00070.34530.3016-0.2018-0.0478-0.28030.5026-0.00231.0326-0.0128-0.04370.73410.03610.61086.708370.9212136.3034
40.66850.3555-0.52880.3058-0.18610.43890.0322-0.66950.55590.6129-0.14910.4416-0.3636-0.83050.00550.89430.09050.10980.5884-0.15940.52191.438183.1172127.3602
51.5005-1.443-0.03813.95950.67965.1484-0.15420.04080.0962-0.31020.00740.6913-0.6005-0.6099-0.81390.52470.23620.0258-0.01510.29390.759-11.723481.762795.7056
60.390.1579-0.64560.1716-0.33131.06620.2758-0.31720.13890.3103-0.4797-0.3736-0.06840.6926-0.11140.96250.0039-0.15170.4811-0.08970.490411.183482.9596129.2403
70.2148-0.11320.03650.5642-0.48340.43820.0349-0.18690.21620.1749-0.0263-0.1113-0.0950.22371.33080.9286-0.5608-0.38040.7994-0.56650.990424.656395.7631120.925
80.57670.1886-0.62811.3725-0.3042.92220.1166-0.1240.5198-0.0413-0.1606-0.1922-0.67150.496-0.29960.67070.02920.0822-0.0041-0.11290.60177.194190.6729105.9108
90.5151-0.04520.56760.8844-0.42252.95390.116-0.14950.19040.29540.1109-0.1861-0.01430.6446-0.6660.7707-0.3455-0.48580.4032-0.23810.741322.105786.2017120.4112
100.7335-0.0646-0.25570.00130.01830.0865-0.0460.0188-0.10410.02270.0249-0.2041-0.01160.22870.8090.2043-0.282-0.27191.248-0.09761.27139.482884.8334110.1101
110.7293-0.0298-0.98211.22220.50582.55140.0241-0.45650.14710.26720.2352-0.4606-0.40110.85450.04420.7807-0.54450.0140.35970.05180.635425.449588.5911105.5173
120.5206-0.12220.02590.87650.51940.32430.08990.47740.4186-0.6994-0.4523-0.7609-0.3780.1853-0.15840.7984-0.39780.09460.5880.2550.370812.392990.310672.5386
131.28060.3455-0.03250.66790.53812.8731-0.0266-0.30.0290.52410.0719-0.41770.13210.9760.18740.0401-0.51110.00080.67810.11490.580328.435880.1025104.8499
140.10640.0019-0.07550.06130.00680.05440.01460.044-0.03630.02990.0043-0.09910.03040.09440.08770.11270.0927-0.19741.61540.04190.897943.068464.4921104.2104
150.67410.08580.10690.39940.05940.91260.11710.1666-0.02290.02880.0004-0.5099-0.14640.67430.16490.0553-0.03530.16071.16890.01930.73131.558475.228189.5858
160.34340.64210.21841.23270.28690.2164-0.3347-0.4367-0.31160.6453-0.2854-0.36940.88410.3665-0.02290.92240.29330.05761.12070.02650.682331.071466.606899.1114
170.05770.01270.00430.18460.01050.08120.3859-0.12460.3251-0.06790.2726-0.7013-0.11670.4391-0.00091.08970.46480.07350.80890.10350.939532.406245.8123104.027
181.2853-0.1501-0.1080.940.80741.58180.30210.19-0.4011-0.0808-0.0144-0.22760.52650.16930.20540.79680.6023-0.08260.8879-0.20440.644529.458357.155187.6673
191.49770.86040.6151.05861.28111.81230.0788-0.51670.22670.0036-0.51540.31670.45810.0154-0.51990.59180.51680.01610.6483-0.19070.850924.373153.709798.0953
202.71181.56861.68522.36490.13974.5456-0.25390.5084-0.1609-0.84930.3860.06420.6336-0.20470.4131.323-0.5170.19170.66580.18660.733513.036139.1096110.6504
210.32650.05-0.31770.3905-0.07710.3415-0.1734-0.3903-0.58330.43050.0820.09210.3532-0.50130.00061.11210.03180.03630.7904-0.18480.87218.220745.418993.9794
220.5672-0.56850.19060.5731-0.27070.30490.324-0.89710.0873-0.0312-0.05120.43250.2071-0.41160.05051.0465-0.53910.43151.0464-0.41121.151412.588148.4592106.9696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 65 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 90 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 135 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 65 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 66 through 90 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 135 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 17 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 18 through 90 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 91 through 136 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 0 through 17 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 18 through 65 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 66 through 79 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 80 through 134 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 0 through 17 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 18 through 79 )E0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 80 through 136 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 0 through 17 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 18 through 79 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 80 through 136 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 1 through 20 )G0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 21 through 91 )G0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 92 through 133 )G0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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