PDB-4zwq: Crystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwq

タイトル

Crystal Structure of the Bacteriophage T4 recombination mediator protein UvsY, Lattice Type I

要素

Recombination protein uvsY

キーワード

VIRAL PROTEIN / recombination / DNA binding / homo-heptamer / asymmetry / alpha barrel

機能・相同性

Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / Recombination, repair and ssDNA binding protein UvsY / DNA biosynthetic process / DNA recombination / DNA binding / Recombination protein uvsY

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.351 Å

データ登録者

Gajewski, S. / White, S.W.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM066934	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA21765	米国
American Lebanese-Syrian Associated Charities (ALSAC)		米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure and mechanism of the phage T4 recombination mediator protein UvsY.
著者: Gajewski, S. / Waddell, M.B. / Vaithiyalingam, S. / Nourse, A. / Li, Z. / Woetzel, N. / Alexander, N. / Meiler, J. / White, S.W.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwq.cif.gz	377 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwq.ent.gz	310 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zwrSC 4zwsC 4zwtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zwr-d 4zwt-2 4zwt-1 3ps0-d 5ooq-2 2dw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Recombination protein uvsY

B: Recombination protein uvsY

C: Recombination protein uvsY

D: Recombination protein uvsY

E: Recombination protein uvsY

F: Recombination protein uvsY

G: Recombination protein uvsY

126 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.260, 109.220, 270.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	HIS	HIS	chain A	A	A	0 - 135	20 - 155
2	MET	MET	chain B	B	B	1 - 135	21 - 155
3	ARG	ARG	chain C	C	C	2 - 135	22 - 155
4	MET	MET	chain D	D	D	1 - 135	21 - 155
5	MET	MET	chain E	E	E	1 - 135	21 - 155
6	ARG	ARG	chain F	F	F	2 - 135	22 - 155
7	GLU	GLU	chain G	G	G	4 - 135	24 - 155

#1: タンパク質	Recombination protein uvsY 分子量: 18036.621 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: uvsY / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04537

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 UvsY (12.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% 1,6-hexanediol, sample subjected to reductive alkylation with ...詳細: 1:1 UvsY (12.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% 1,6-hexanediol, sample subjected to reductive alkylation with formaldehyde prior to crystallization

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 UvsY (12.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 15 mM HEPES, pH 8.2, 2 mM DTT) to 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% 1,6-hexanediol, sample subjected to reductive alkylation with ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 43526 / % possible obs: 60.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.962 / Net I/σ(I): 13.36 / Num. measured all: 352962

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.31-2.37		5	0.971	0.224	7.46	658	5258	131	0.252	2.5
2.37-2.43			0.94	0.467	3.92	2053	5133	360	0.516	7
2.43-2.5			0.953	0.392	5.1	3877	4940	599	0.427	12.1
2.5-2.58			0.937	0.449	4.86	6520	4848	902	0.484	18.6
2.58-2.66			0.975	0.377	5.8	9168	4692	1201	0.405	25.6
2.66-2.76			0.977	0.393	5.69	12842	4523	1616	0.42	35.7
2.76-2.86			0.979	0.402	5.55	17224	4355	2119	0.429	48.7
2.86-2.98			0.978	0.49	4.77	25596	4231	3074	0.522	72.7
2.98-3.11			0.982	0.488	4.55	33771	4038	4032	0.52	99.9
3.11-3.26			0.985	0.342	6.18	32268	3859	3853	0.365	99.8
3.26-3.44			0.993	0.22	8.72	30985	3710	3709	0.235	100
3.44-3.65			0.997	0.145	12.01	29280	3518	3517	0.155	100
3.65-3.9			0.998	0.112	15.06	27164	3288	3287	0.12	100
3.9-4.21			0.999	0.078	20	25236	3082	3082	0.083	100
4.21-4.61			0.999	0.064	22.99	23030	2830	2825	0.068	99.8
4.61-5.16			0.999	0.056	23.54	21101	2588	2585	0.06	99.9
5.16-5.96			0.999	0.068	21.19	18672	2299	2295	0.073	99.8
5.96-7.29			0.999	0.058	23.8	15522	1939	1939	0.062	100
7.29-10.32			1	0.033	32.4	11817	1526	1521	0.036	99.7
	10.32		1	0.036	35.55	6178	910	879	0.039	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZWR

4zwr

解像度: 2.351→46.727 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE X-RAY DIFFRACTION DATA EXHIBITED STRONG ANISOTROPY. REFINEMENT WAS PERFORMED AGAINST ELLIPTICALLY TRUNCATED DATA (RESOLUTION LIMITS OF 1/3.0, 1/3.0, AND 1/2.3 A IN A*, B*, C*, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	2167	4.99 %
R_work	0.2218	41283	-
obs	0.2232	43451	64.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.21 Å² / B_iso mean: 39.1448 Å² / B_iso min: 9.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.351→46.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7494	0	0	0	7494
残基数	-	-	-	-	941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	10182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.641	2861

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	2	B	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	3	C	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	4	D	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	5	E	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	6	F	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL
1	7	G	4576	X-RAY DIFFRACTION	8.595	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.351-2.4057	0.4316	16	0.3672	234	250	5
2.4057-2.4658	0.3406	21	0.3066	411	432	9
2.4658-2.5325	0.3057	22	0.3119	643	665	14
2.5325-2.607	0.2724	56	0.2952	891	947	20
2.607-2.6911	0.3308	69	0.2652	1178	1247	27
2.6911-2.7872	0.3331	90	0.269	1675	1765	37
2.7872-2.8988	0.3437	121	0.2622	2308	2429	52
2.8988-3.0306	0.286	221	0.2288	3670	3891	81
3.0306-3.1903	0.2461	206	0.2236	4246	4452	95
3.1903-3.39	0.2451	218	0.2116	4295	4513	95
3.39-3.6515	0.2317	204	0.1988	4312	4516	95
3.6515-4.0185	0.2349	235	0.2037	4269	4504	95
4.0185-4.5988	0.2298	225	0.1876	4302	4527	95
4.5988-5.7896	0.2411	242	0.2276	4337	4579	95
5.7896-34.6	0.2592	217	0.2529	4512	4729	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8198	2.1993	-1.2568	2.4426	-1.6813	1.6947	-0.1411	0.1631	0.2428	-0.1119	-0.0449	-0.4585	-0.2283	0.2096	0.1857	0.6371	-0.2335	0.0328	0.3078	-0.014	0.7401	27.786	-15.0077	-15.4912
2	0.1061	0.0107	-0.0543	0.2932	0.0178	0.0299	0.023	0.0273	0.087	-0.254	-0.0722	0.0448	-0.4108	-0.0358	0.0667	0.6634	-0.0474	-0.0634	0.2115	-0.0892	0.3618	17.4899	-11.8652	-17.8157
3	0.3654	-0.567	0.1502	0.886	-0.2549	0.1388	0.1448	-0.0402	0.6792	-0.1268	-0.0983	0.205	-0.2239	0.0883	-0.055	0.8863	-0.1179	-0.0475	0.2518	-0.0287	0.7059	18.6578	-14.5902	-53.13
4	0.6069	0.5049	-0.02	1.4101	0.2208	0.3699	0.0161	-0.0067	0.057	0.0197	0.006	-0.0145	-0.0303	0.0191	-0.0293	0.5021	-0.2036	-0.0518	0.2684	0.0357	0.4682	22.0156	-14.546	-35.056
5	0.7768	0.3269	0.6898	0.5903	0.4044	0.9042	0.1065	-0.1527	-0.0413	0.1464	-0.0886	0.1106	0.1802	-0.2323	-0.0354	0.3536	-0.167	-0.0396	0.2571	-0.0767	0.3917	15.205	-19.5017	-9.1211
6	4.7682	0.4976	-3.0986	9.4188	-0.9021	2.0633	0.1603	-0.4481	-1.0168	0.7041	-0.3302	1.3629	0.1828	-0.0744	0.1714	0.4048	-0.2835	0.0401	0.9454	0.1093	0.7771	13.1566	-28.205	12.4269
7	1.0123	0.4771	-0.1807	1.0308	0.1214	1.2381	0.0129	-0.0369	0.0143	0.0272	-0.0118	-0.1114	-0.0698	0.1382	0.0118	0.1991	-0.1466	-0.0367	0.2418	-0.0118	0.3752	24.8393	-38.7979	-7.7078
8	0.0567	0.0378	0.0217	0.0609	0.0144	0.0634	-0.0038	0.0018	0.0103	-0.0056	0.0037	-0.0106	-0.0099	0.007	0.0064	0.2516	-0.1573	-0.024	0.2061	-0.028	0.3872	22.6252	-27.8517	-9.1338
9	3.5381	1.7382	-4.0172	9.4782	2.6837	7.8391	0.0505	-0.126	-0.0043	0.0384	0.1441	-0.4745	-0.201	0.498	-0.1934	0.2868	-0.1584	-0.0362	0.2886	0.0617	0.4984	26.131	-24.3883	-29.5548
10	1.0567	0.75	0.0952	2.1246	0.2475	0.3821	-0.1459	0.2307	0.059	-0.3845	0.1889	0.0166	-0.0613	0.0356	-0.0578	0.2947	-0.1664	-0.0285	0.2292	-0.0156	0.3158	24.9619	-26.1005	-47.8047
11	0.4545	0.5571	0.1678	1.413	0.1628	0.4239	0.0934	-0.1899	0.1789	0.0442	-0.0552	0.0636	-0.0411	0.0879	-0.0412	0.7526	-0.4311	0.1248	0.8218	0.132	0.9178	29.6077	-29.311	-57.8845
12	0.0581	0.0367	0.0304	0.0682	0.0426	0.0855	-0.0111	-0.0041	0.0167	-0.0212	0.0002	0.0085	0.0031	-0.0042	-0.0476	0.2238	-0.1821	-0.0246	0.1983	-0.0136	0.3192	17.7369	-34.4896	-23.5868
13	0.565	-0.3001	-0.0841	0.2284	0.1676	0.6707	0.05	0.0119	0.1749	0.0079	0.0595	-0.1003	-0.0163	0.0738	-0.0582	0.0698	0.0074	-0.0196	0.0803	0.0191	0.3423	10.1635	-50.4027	-7.4977
14	1.5639	0.5539	0.4352	0.2678	0.0685	0.8504	-0.0704	0.1721	0.0104	-0.0174	0.0276	-0.0959	-0.0286	0.0898	0.0302	0.0715	-0.0028	-0.0312	0.0809	0.0045	0.3359	18.0058	-43.5973	-22.763
15	2.6455	1.0351	0.2934	1.4236	0.5217	0.6154	-0.0512	0.094	-0.2001	-0.0946	0.1685	-0.0943	0.0106	0.1049	-0.1209	0.1107	-0.0733	-0.0374	0.2542	0.0317	0.3	18.7857	-44.5687	-51.0381
16	7.5832	3.1114	6.9146	4.939	2.3384	6.3729	0.5836	2.124	-1.4581	-0.4973	0.2143	-1.2233	0.9662	1.8446	-0.8001	0.5552	0.0654	0.1911	0.5541	-0.1757	0.6575	19.2903	-50.9716	-61.3571
17	0.016	0.0173	-0.0106	0.0093	-0.004	0.0191	0.0019	-0.0082	0.0183	-0.0038	-0.0142	0.0182	-0.002	0.0021	-0.0376	0.139	-0.1205	0.012	0.167	0.0468	0.2707	9.8064	-46.1353	-36.7057
18	5.2041	-2.2522	-3.6835	2.3874	1.9089	5.0647	-0.1428	-0.5037	-0.0333	-0.0212	0.158	0.3706	-0.0647	-0.4853	-0.0064	0.1604	0.0399	-0.1086	0.3451	0.0025	0.5392	-0.1407	-40.9289	4.9291
19	0.8693	1.1741	1.0392	1.8622	1.0402	3.4585	-0.0355	0.1316	-0.2261	-0.0736	0.1188	-0.1439	0.0343	0.1027	-0.0619	0.1722	-0.1221	0.0638	0.2759	0.0189	0.3905	-12.0559	-52.524	-16.4084
20	0.3897	-0.0549	0.3809	0.4423	0.2195	0.5433	-0.068	-0.1248	-0.006	0.0483	-0.019	0.241	0.0105	-0.1623	0.0488	0.0664	0.0271	0.0046	0.2452	0.0224	0.3194	-1.971	-49.7259	-12.2854
21	5.689	-1.7835	-0.4904	1.2805	0.4137	1.5702	-0.0195	-0.0829	-0.4826	0.0161	0.0373	0.2262	0.1331	-0.0743	-0.0172	0.0679	0.037	-0.0027	0.1152	-0.0054	0.2352	2.2806	-52.8085	-38.8285
22	3.2349	0.4152	-0.0779	0.1693	-0.6001	2.995	-0.0023	0.4396	-0.1286	-0.1161	-0.2219	0.1591	-0.0766	-0.1488	0.2058	0.173	0.1315	0.0293	0.3132	-0.0264	0.2721	-3.4112	-50.8025	-57.5558
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24	1.0919	-0.5674	1.5741	1.9746	-0.8873	7.4246	0.0182	-0.1347	0.0341	0.0714	-0.172	0.4997	0.1763	-0.5239	0.1535	0.3648	-0.1317	0.09	0.4966	-0.1239	0.4991	-10.8641	-36.5046	4.5834
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26	0.3075	-0.0957	-0.5885	0.077	0.1914	1.1249	-0.01	-0.0719	-0.0244	0.0054	0.0126	0.0079	-0.0246	-0.092	-0.0295	0.0646	0.0421	-0.0034	0.2422	-0.0115	0.302	-16.3002	-44.988	-30.9582
27	7.9404	-1.0046	-2.1421	0.7677	0.8128	1.3039	-0.0819	0.104	-0.2417	0.088	-0.2973	0.4776	0.0864	-0.2801	0.3644	0.3603	0.1792	0.11	0.3557	-0.0091	0.2932	-17.6378	-44.7647	-61.3698
28	2.3912	-0.3705	0.6511	2.3271	0.4564	1.7396	-0.0282	-0.0189	-0.4276	0.2802	0.1248	-0.0634	0.3008	0.2055	-0.0979	0.4411	0.2593	0.019	0.3509	-0.0266	0.508	-18.6178	-39.165	-64.5935
29	0.042	-0.0178	0.0292	0.0347	-0.0252	0.0267	0.0176	0.0239	0.0321	-0.0316	-0.0178	0.0149	-0.0141	-0.0162	0.0121	0.2704	0.1779	0.0342	0.2473	-0.0332	0.3704	-20.7168	-38.3331	-40.3161
30	1.0189	0.1308	0.7328	2.2171	1.8684	3.5567	0.1076	-0.2455	0.3526	0.1235	0.3002	-0.3543	-0.2449	0.2276	-0.4105	0.5133	0.2726	0.0914	0.6829	-0.1398	0.4745	-13.6095	-28.8088	-4.8485
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32	0.1026	-0.0626	-0.0246	0.0964	0.03	0.1037	-0.0138	-0.0453	0.0405	0.0306	0.0139	0.004	-0.0412	-0.0197	-0.0468	0.3914	0.2718	0.0448	0.3339	-0.0289	0.3947	-23.5885	-25.6306	-32.7291
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34	1.0824	-0.7875	-1.1039	3.3764	1.7901	2.1894	-0.11	-0.168	0.1413	-0.0136	0.025	0.1177	-0.0669	-0.1046	0.0896	0.7736	0.3116	0.0105	0.4211	-0.0331	0.3718	-20.4666	-20.0945	-63.9206
35	0.2703	-0.1626	-0.1121	0.719	0.4148	0.4996	0.0811	0.0863	0.0523	-0.1502	-0.0471	-0.0505	-0.0681	-0.0174	-0.0472	0.4267	0.174	0.0629	0.2293	-0.0439	0.3459	-18.4677	-20.341	-28.0378
36	3.426	2.8359	3.2322	7.8883	4.3729	7.5949	0.0131	-0.536	1.4284	0.2052	0.0869	-0.3997	-1.2944	0.1793	-0.0968	0.6904	-0.0251	0.0532	0.3268	-0.1438	0.5333	-7.8447	-15.2743	1.5303
37	9.0405	1.9911	5.9654	2.5743	2.1178	4.3864	-0.6095	-0.0086	1.446	0.0073	-0.158	0.0228	-1.787	-0.4552	0.7729	1.0123	0.0329	0.1649	0.3437	-0.0168	0.6537	-7.4183	-1.933	-23.1401
38	0.0754	0.0564	-0.0737	0.6291	0.2974	1.8794	0.0141	-0.0114	0.0668	0.3236	-0.0248	-0.0875	-0.175	-0.0907	-0.005	1.1068	0.3672	0.0499	0.4917	-0.0128	0.4446	-15.9576	-9.9286	-36.8509
39	0.9501	-0.1098	-2.1232	0.7393	1.0036	5.5353	0.3878	-0.0157	0.0998	-0.0524	0.0375	-0.2339	-0.4935	-0.156	-0.4262	0.6889	-0.2059	-0.0243	0.7637	-0.1426	0.5068	-13.0531	-7.5245	-70.8602
40	5.5772	0.9249	2.3463	5.9047	-0.6694	8.4878	-0.6298	-0.1485	0.6074	-0.0858	0.5064	0.1887	-1.7305	-0.0635	0.1314	0.8758	-0.0338	-0.0815	0.406	-0.0414	0.4457	-10.5513	-6.5177	-47.7701
41	9.0695	-4.0225	6.6645	8.507	-5.564	9.6621	0.1728	0.6915	-0.8008	-0.426	0.1887	-0.3276	1.5806	0.6701	-0.3613	0.5768	0.0038	0.1182	0.3152	-0.0653	0.4947	-4.1844	-13.459	-16.7279
42	4.4198	2.2726	0.9679	3.7561	2.4423	1.6734	0.3548	-0.0876	1.1274	0.1876	-0.1002	-0.6299	-0.7362	0.383	-0.2533	1.1777	-0.3797	-0.0998	0.5779	0.1498	1.0537	3.0854	-13.5774	-1.6947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:8)	A	0 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 9:67)	A	9 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 68:85)	A	68 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 86:103)	A	86 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 104:124)	A	104 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 125:135)	A	125 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:22)	B	1 - 22
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 23:43)	B	23 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 44:50)	B	44 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 51:67)	B	51 - 67
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 68:75)	B	68 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 76:135)	B	76 - 135
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 2:30)	C	2 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 31:50)	C	31 - 50
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 51:69)	C	51 - 69
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 70:75)	C	70 - 75
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 76:120)	C	76 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 121:135)	C	121 - 135
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 1:17)	D	1 - 17
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 18:44)	D	18 - 44
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 45:54)	D	45 - 54
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 55:93)	D	55 - 93
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 94:125)	D	94 - 125
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 126:135)	D	126 - 135
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 1:26)	E	1 - 26
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain E and resid 27:58)	E	27 - 58
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain E and resid 59:68)	E	59 - 68
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain E and resid 69:84)	E	69 - 84
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 85:114)	E	85 - 114
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 115:135)	E	115 - 135
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain F and resid 2:13)	F	2 - 13
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain F and resid 14:67)	F	14 - 67
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain F and resid 68:73)	F	68 - 73
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain F and resid 74:92)	F	74 - 92
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain F and resid 93:128)	F	93 - 128
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain F and resid 129:135)	F	129 - 135
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain G and resid 3:16)	G	3 - 16
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain G and resid 17:67)	G	17 - 67
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain G and resid 68:82)	G	68 - 82
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain G and resid 83:112)	G	83 - 112
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain G and resid 113:127)	G	113 - 127
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain G and resid 128:135)	G	128 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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