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- PDB-4ztt: Crystal structures of ferritin mutants reveal diferric-peroxo int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ztt
タイトルCrystal structures of ferritin mutants reveal diferric-peroxo intermediates
要素(ferritin) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Helicobactor pylori / Escherichia coli / Gram-negative bacteria / ferritin / iron uptake / ferroxidase center / reaction intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


: / bacterial non-heme ferritin / iron ion sequestering activity / ferroxidase activity / ferric iron binding / cellular response to iron ion / ferrous iron binding / iron ion transport / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis ...: / bacterial non-heme ferritin / iron ion sequestering activity / ferroxidase activity / ferric iron binding / cellular response to iron ion / ferrous iron binding / iron ion transport / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / DNA damage response / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / MU-OXO-DIIRON / OXYGEN ATOM / HYDROXIDE ION / OXYGEN MOLECULE / PEROXIDE ION / Ferritin / Bacterial non-heme ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DH1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Kim, S. / Park, Y.H. / Jung, S.W. / Seok, J.H. / Chung, Y.B. / Lee, D.B. / Gowda, G. / Lee, J.H. / Han, H.R. / Cho, A.E. ...Kim, S. / Park, Y.H. / Jung, S.W. / Seok, J.H. / Chung, Y.B. / Lee, D.B. / Gowda, G. / Lee, J.H. / Han, H.R. / Cho, A.E. / Lee, C. / Chung, M.S. / Kim, K.H.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Novel Iron-Uptake Route and Reaction Intermediates in Ferritins from Gram-Negative Bacteria.
著者: Kim, S. / Lee, J.H. / Seok, J.H. / Park, Y.H. / Jung, S.W. / Cho, A.E. / Lee, C. / Chung, M.S. / Kim, K.H.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02024年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / software / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_evidence_code / _struct_site.pdbx_num_residues

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,74142
ポリマ－117,4456
非ポリマー2,29636
水15,907883
1
A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
ヘテロ分子

A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
ヘテロ分子

A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
ヘテロ分子

A: ferritin
B: ferritin
C: ferritin
D: ferritin
E: ferritin
F: ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,966168
ポリマ－469,78124
非ポリマー9,185144
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area92580 Å2
ΔGint-1109 kcal/mol
Surface area139710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.816, 128.816, 172.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-205-

FE2

21D-414-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
ferritin


分子量: 19571.859 Da / 分子数: 5 / 変異: S20A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 遺伝子: ftnA, Z2960, ECs2613
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C3T582, UniProt: P0A998*PLUS, bacterial non-heme ferritin
#2: タンパク質 ferritin


分子量: 19585.844 Da / 分子数: 1 / 変異: S20A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 遺伝子: ftnA, Z2960, ECs2613
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C3T582, bacterial non-heme ferritin

-
非ポリマー , 9種, 919分子

#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2O
#4: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#9: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#10: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Lithium sulfate monohydrate, sodium citrate, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 154787 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.83→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.557 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19191 5691 4.7 %RANDOM
Rwork0.15644 ---
obs0.15813 115239 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.52 Å20 Å20 Å2
2--4.52 Å20 Å2
3----9.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8085 0 115 883 9083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0198956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0611.95312068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.057318852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38851085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.55225.474475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.791151617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7921527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0210319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5382.4184196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5322.4174195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0263.6075329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0293.6075330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9952.8174758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9952.8174758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.624.0866737
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35621.64311752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.03420.91911287
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.834→1.882 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 395 -
Rwork0.377 7818 -
obs--91.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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