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万見
- PDB-4zs4: Crystal Structure of the Inactive Alpha-kinase Domain of Myosin-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zs4
タイトルCrystal Structure of the Inactive Alpha-kinase Domain of Myosin-II Heavy Chain Kinase A (D756A) Complexed with ATP
要素Myosin heavy chain kinase A
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase like fold / Atypical Ser/Thr protein kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / mitotic cytokinesis / actin filament bundle assembly ...myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / mitotic cytokinesis / actin filament bundle assembly / cAMP binding / ADP binding / chemotaxis / actin filament binding / cell cortex / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / : / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. ...Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / : / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Myosin heavy chain kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ye, Q. / Jia, Z.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Characterization of the Catalytic and Nucleotide Binding Properties of the alpha-Kinase Domain of Dictyostelium Myosin-II Heavy Chain Kinase A.
著者: Yang, Y. / Ye, Q. / Jia, Z. / Cote, G.P.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22016年6月1日Group: Data collection
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain kinase A
B: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3008
ポリマ－68,9652
非ポリマー1,3356
水5,801322
1
A: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1504
ポリマ－34,4831
非ポリマー6683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1504
ポリマ－34,4831
非ポリマー6683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.207, 109.744, 77.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 552 - 806 / Label seq-ID: 18 - 272

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Myosin heavy chain kinase A / MHCK-A


分子量: 34482.570 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 552-841 / 変異: D756A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: mhkA, mhckA, DDB_G0291231 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42527, myosin-heavy-chain kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.75 / 詳細: PEG 3350, lithium sulphate, Tris chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 28026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.542 / Net I/σ(I): 17.826 / Num. measured all: 227342
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.444.30.5492.70411851.23399.5
2.64-2.696.40.48611420.995100
2.69-2.746.90.49111791.008100
2.74-2.87.30.44611651.039100
2.8-2.867.80.41611761.164100
2.86-2.938.50.43111961.205100
2.93-390.41911501.309100
3-3.089.60.36811791.381100
3.08-3.1710.10.3611981.445100
3.17-3.2810.60.33611811.389100
3.28-3.39110.27311711.432100
3.39-3.5311.10.21911891.525100
3.53-3.6911.10.16411781.46100
3.69-3.88110.14311991.436100
3.88-4.12110.1211991.589100
4.12-4.44110.11211901.827100
4.44-4.8910.90.09512102.085100
4.89-5.5910.80.08612291.805100
5.59-7.0310.60.08312331.941100
7.03-309.80.06213152.466100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKM

3lkm


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.777 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 1411 5 %RANDOM
Rwork0.1785 ---
obs0.1808 26549 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.96 Å2 / Biso mean: 36.069 Å2 / Biso min: 14.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.72 Å20 Å2-0 Å2
2--1.34 Å2-0 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 74 322 4428
Biso mean--37.4 38.39 -
残基数----510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.995669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97739340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.89625.314175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10615765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7651514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4913.3872035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.493.3862034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2295.0572535
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.455 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 64 -
Rwork0.274 1212 -
all-1276 -
obs--60.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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