PDB-4zrq: E88 deletion mutant of CD320 in complex with TC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zrq

タイトル

E88 deletion mutant of CD320 in complex with TC2

要素

CD320 antigen
Transcobalamin-2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / LDLR-R / vitamin transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / ventral spinal cord development / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Alam, A. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of transcobalamin recognition by human CD320 receptor.
著者: Alam, A. / Woo, J.S. / Schmitz, J. / Prinz, B. / Root, K. / Chen, F. / Bloch, J.S. / Zenobi, R. / Locher, K.P.

履歴

登録	2015年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 2.0	2021年8月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zrq.cif.gz	396.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zrq.ent.gz	326 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zrq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zrq_validation.pdf.gz	497.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zrq_full_validation.pdf.gz	528.7 KB	表示
XML形式データ	4zrq_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	4zrq_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zrq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zrpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zrp-2 4zrp-1 5ejd-1 5ejd-6 4mqw-1 2bhj-d 3o6g-1 5ejd-3 5ejd-8 2pyx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcobalamin-2

B: Transcobalamin-2

C: CD320 antigen

D: CD320 antigen

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcobalamin-2

C: CD320 antigen

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcobalamin-2

D: CD320 antigen

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.404, 98.404, 356.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
1	2	chain C
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	0 - 409
2	1	1	chain B	B	0 - 409
1	1	2	chain C	C	53 - 171
2	1	2	chain D	D	53 - 170

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TCII 分子量: 45650.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20062
#2: タンパク質	CD320 antigen / 8D6 antigen / FDC-signaling molecule 8D6 / FDC-SM-8D6 / Transcobalamin receptor / TCblR 分子量: 12672.251 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 53-171 / Mutation: DelE88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD320, 8D6A, UNQ198/PRO224 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NPF0

#1: タンパク質

Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TCII

分子量: 45650.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20062

#2: タンパク質

CD320 antigen / 8D6 antigen / FDC-signaling molecule 8D6 / FDC-SM-8D6 / Transcobalamin receptor / TCblR

分子量: 12672.251 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 53-171 / Mutation: DelE88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD320, 8D6A, UNQ198/PRO224 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPF0

-
非ポリマー , 4種, 54分子

#3: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN 分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, L-Proline, Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.434 Å / Num. obs: 54979 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→29.434 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2305	2731	4.97 %
R_work	0.1985	52248	-
obs	0.2001	54979	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 192.04 Å² / B_iso mean: 74.4665 Å² / B_iso min: 32.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→29.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7488	0	28	44	7560
B_iso mean	-	-	100.41	62.36	-
残基数	-	-	-	-	952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.886	10490
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.122	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.699	2808

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3651	X-RAY DIFFRACTION	11.005	TORSIONAL
1	2	B	3651	X-RAY DIFFRACTION	11.005	TORSIONAL
2	1	C	594	X-RAY DIFFRACTION	11.005	TORSIONAL
2	2	D	594	X-RAY DIFFRACTION	11.005	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.6448	0.3898	135	0.3081	2550	2685	100
2.6448-2.6929	0.3073	119	0.2939	2555	2674	100
2.6929-2.7446	0.3417	147	0.2851	2556	2703	100
2.7446-2.8006	0.296	122	0.2756	2583	2705	100
2.8006-2.8615	0.3394	130	0.2788	2559	2689	100
2.8615-2.928	0.3093	161	0.2808	2551	2712	100
2.928-3.0011	0.3016	108	0.2624	2593	2701	100
3.0011-3.0822	0.3019	133	0.2587	2607	2740	100
3.0822-3.1728	0.2967	142	0.2607	2584	2726	100
3.1728-3.2751	0.2768	145	0.2442	2557	2702	100
3.2751-3.392	0.2797	144	0.2439	2595	2739	100
3.392-3.5276	0.2778	127	0.229	2582	2709	100
3.5276-3.6878	0.2376	127	0.2076	2615	2742	100
3.6878-3.8818	0.2192	137	0.1958	2599	2736	100
3.8818-4.1244	0.1992	149	0.167	2617	2766	100
4.1244-4.4419	0.181	113	0.1638	2649	2762	100
4.4419-4.8871	0.1895	129	0.1499	2663	2792	100
4.8871-5.5901	0.2148	167	0.177	2645	2812	100
5.5901-7.027	0.2405	135	0.1936	2732	2867	100
7.027-29.4359	0.1555	161	0.1456	2856	3017	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0841	1.3772	1.5916	1.7106	0.7957	2.94	0.1932	-0.2816	-0.0873	0.2175	-0.1365	0.0455	0.1309	0.0117	-0.0538	0.5598	0.0504	0.0045	0.3196	0.0266	0.286	-19.1962	-47.2355	-39.7263
2	2.3661	1.5827	1.4207	3.0353	1.7117	4.5354	-0.1539	0.0987	0.1789	-0.3773	0.0914	0.0356	-0.069	0.2212	0.0673	0.3985	0.0163	-0.0113	0.4652	0.073	0.2952	5.764	-28.8161	-0.91
3	7.1465	6.0698	1.5943	8.1804	-1.6735	5.7063	0.1239	-1.407	-2.8628	1.9065	-0.3786	-2.3962	1.3346	0.7814	0.255	1.3868	0.1842	-0.1072	1.1503	0.3592	1.7086	2.6599	-68.1179	-27.0565
4	6.8087	-3.992	-5.2405	7.8048	4.1239	2.0091	0.4724	0.2942	-0.0213	-0.6662	0.0643	-1.8256	-0.997	1.386	-0.5179	0.8006	-0.007	0.053	1.0188	0.0084	0.789	13.7629	-40.8478	-38.4217
5	4.583	4.3647	-3.8232	9.9825	0.5897	6.2584	-0.3264	1.8625	-1.5796	-1.0258	0.7125	-2.3199	0.9619	0.7462	-0.3887	1.0147	0.1416	0.1372	1.4243	-0.3821	1.2252	21.1109	-53.1267	-16.308
6	4.3452	-3.6515	1.3321	6.7478	-2.2009	3.8454	0.3482	-0.5253	-1.4076	-0.1183	0.4472	0.4027	2.0794	-0.4207	-0.7922	1.1167	-0.1511	-0.1287	0.7521	0.1058	0.6902	-6.4167	-59.8983	-3.2384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 409 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 0 through 409 )	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 53 through 85 )	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 129 through 171 )	C
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 53 through 85 )	D
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 129 through 170 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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