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万見
- PDB-4zrp: TC:CD320 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zrp
タイトルTC:CD320
要素
  • CD320 antigen
  • Transcobalamin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LDLR-A / Vitamin transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / ventral spinal cord development / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding ...regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / ventral spinal cord development / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / cargo receptor activity / positive regulation of B cell proliferation / lysosomal lumen / growth factor activity / caveola / external side of plasma membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / : / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / : / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / Transcobalamin-2 / CD320 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alam, A. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of transcobalamin recognition by human CD320 receptor.
著者: Alam, A. / Woo, J.S. / Schmitz, J. / Prinz, B. / Root, K. / Chen, F. / Bloch, J.S. / Zenobi, R. / Locher, K.P.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation_author / entity / entity_src_gen
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight ..._citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type
改定 2.02021年8月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin-2
B: Transcobalamin-2
C: CD320 antigen
D: CD320 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,40918
ポリマ－116,9044
非ポリマー3,50614
水7,999444
1
A: Transcobalamin-2
C: CD320 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,42912
ポリマ－58,4522
非ポリマー1,97710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
2
B: Transcobalamin-2
D: CD320 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9806
ポリマ－58,4522
非ポリマー1,5294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.099, 98.099, 355.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA0 - 409
211chain BB0 - 409
112chain CC53 - 170
212chain DD53 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TCII


分子量: 45650.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20062
#2: タンパク質 CD320 antigen / 8D6 antigen / FDC-signaling molecule 8D6 / FDC-SM-8D6 / Transcobalamin receptor / TCblR


分子量: 12801.365 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 53-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD320, 8D6A, UNQ198/PRO224 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPF0

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非ポリマー , 4種, 458分子

#3: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Calcium Acetate, MES, PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.942 Å / Num. obs: 101389 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 62.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.942 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 1782 1.76 %
Rwork0.1836 99607 -
obs0.184 101389 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.04 Å2 / Biso mean: 58.5997 Å2 / Biso min: 21.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7515 0 42 444 8001
Biso mean--84.22 54.99 -
残基数----958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.92810535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1341185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5822820
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3700X-RAY DIFFRACTION8.918TORSIONAL
12B3700X-RAY DIFFRACTION8.918TORSIONAL
21C656X-RAY DIFFRACTION8.918TORSIONAL
22D656X-RAY DIFFRACTION8.918TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15680.34611300.30827206733695
2.1568-2.22020.31311350.28437534766999
2.2202-2.29190.29011350.26487560769599
2.2919-2.37370.2821350.2397556769199
2.3737-2.46870.24171360.23267608774499
2.4687-2.5810.26931370.2157673781099
2.581-2.7170.23591360.207876237759100
2.717-2.88710.21391370.202776787815100
2.8871-3.10980.21991380.197976697807100
3.1098-3.42240.22281390.190277827921100
3.4224-3.91670.19761390.165278097948100
3.9167-4.9310.14631400.1397831797199
4.931-29.94540.18311450.15938078822398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90230.6767-1.03170.9382-0.42912.19960.1531-0.15470.10660.1203-0.0882-0.0367-0.10090.0487-0.0520.39160.0139-0.00440.1762-0.02410.2601-30.0949-2.066-39.7
21.55810.8069-0.97131.7655-1.12613.6423-0.10310.0611-0.1062-0.25680.07180.00210.095-0.21360.03970.2586-0.01770.00670.3068-0.0660.2434-55.1127-20.4364-0.9216
37.33264.2389-0.07814.8593-0.10212.00230.3576-1.40333.08181.35080.07741.4781-2.1875-0.384-0.44881.23130.07790.32550.9286-0.23711.4878-52.902618.8423-27.0199
44.3441-2.64360.97022.01491.7436.3770.38890.2625-0.1358-0.58620.06321.5238-0.0534-1.8438-0.48650.5495-0.0267-0.06470.7340.05980.6189-62.853-8.2313-38.6155
58.41336.3809-0.74646.585-1.68279.3447-0.15441.63741.913-0.83450.85362.2388-1.0414-2.0169-0.6910.99270.2461-0.02051.240.31881.0798-70.29615.2018-16.6889
62.0103-0.48881.6499.3789-0.1274.70670.2184-0.46311.2107-0.18790.3461-0.4455-1.71650.3557-0.60620.9249-0.16290.10580.519-0.10560.4988-42.016410.3083-3.7257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 409 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 0 through 409 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 53 through 89 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 130 through 171 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 53 through 89 )D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 130 through 171 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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