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万見
- PDB-4zr5: Soluble rabbit neprilysin in complex with phosphoramidon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zr5
タイトルSoluble rabbit neprilysin in complex with phosphoramidon
要素Neprilysin
キーワードHYDROLASE / Neutral Endopeptidase / Phosphoramidon / Zn-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


neprilysin / creatinine metabolic process / substance P catabolic process / peptide metabolic process / cellular response to UV-A / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / neuron projection terminus / cellular response to UV-B / amyloid-beta clearance ...neprilysin / creatinine metabolic process / substance P catabolic process / peptide metabolic process / cellular response to UV-A / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / neuron projection terminus / cellular response to UV-B / amyloid-beta clearance / cellular response to cytokine stimulus / brush border / replicative senescence / amyloid-beta metabolic process / sensory perception of pain / kidney development / peptide binding / protein processing / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle / axon / synapse / dendrite / proteolysis / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neutral endopeptidase; domain 2 / Neutral endopeptidase , domain2 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Collagenase (Catalytic Domain) ...Neutral endopeptidase; domain 2 / Neutral endopeptidase , domain2 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORAMIDON / Chem-RDF / Neprilysin
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.8016 Å
データ登録者Labiuk, S.L. / Grochulski, P. / Sygusch, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structures of soluble rabbit neprilysin complexed with phosphoramidon or thiorphan.
著者: Labiuk, S.L. / Sygusch, J. / Grochulski, P.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_molecule.asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neprilysin
B: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,31712
ポリマ－158,9592
非ポリマー3,35810
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1586
ポリマ－79,4791
非ポリマー1,6795
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1586
ポリマ－79,4791
非ポリマー1,6795
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.513, 107.446, 210.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neprilysin / Atriopeptidase / Enkephalinase / Neutral endopeptidase 24.11 / Neutral endopeptidase / Skin ...Atriopeptidase / Enkephalinase / Neutral endopeptidase 24.11 / Neutral endopeptidase / Skin fibroblast elastase / SFE


分子量: 79479.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: MME / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / Variant (発現宿主): his4- / 参照: UniProt: P08049, neprilysin

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 275分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-RDF / N-ALPHA-L-RHAMNOPYRANOSYLOXY(HYDROXYPHOSPHINYL)-L-LEUCYL-L-TRYPTOPHAN / PHOSPHORAMIDON / ホスホラミドン


タイプ: peptide-like, Glycopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 543.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34N3O10P / 参照: PHOSPHORAMIDON / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The sequence from GB XP_008264403.1 matches the experimental electron density

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, sodium cacodylate; 1 hr soak in 0.2 mM phosphoramidon

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 33003 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 30.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.029 / Net I/av σ(I): 16.37 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 84480
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-IDRejects% possible all
2.8-2.90.16517621.211045.7
2.9-3.020.12822591.1231059.1
3.02-3.150.11230111.0781078.1
3.15-3.320.0934141.0131088.3
3.32-3.530.06935150.9911090.9
3.53-3.80.05536600.9041093.8
3.8-4.180.04537550.9311096.6
4.18-4.790.0438590.9881098.3
4.79-6.030.04438971.161097.8
6.03-400.03338841.0391093.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: 4XBH

4xbh


解像度: 2.8016→39.213 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 3384 6.11 %Random selection
Rwork0.1917 52021 --
obs0.1939 33003 75.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.6 Å2 / Biso mean: 33.4488 Å2 / Biso min: 9.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8016→39.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11182 0 216 271 11669
Biso mean--45.36 24.48 -
残基数----1392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90115792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2194298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8016-2.84160.2965630.254974103734
2.8416-2.8840.3004770.25841127120439
2.884-2.9290.3358820.24761258134044
2.929-2.9770.3115850.25341386147147
2.977-3.02830.34351110.2311512162354
3.0283-3.08340.32141150.23261749186461
3.0834-3.14270.26531340.22842045217970
3.1427-3.20680.26621260.22392113223973
3.2068-3.27650.25951440.22582154229874
3.2765-3.35270.24891430.2242178232176
3.3527-3.43650.25541420.20842249239177
3.4365-3.52930.25731520.20042252240479
3.5293-3.63310.21391610.212341250280
3.6331-3.75030.24721570.18952370252783
3.7503-3.88420.21871570.17972440259785
3.8842-4.03960.22311640.17232521268587
4.0396-4.22320.2171640.16492599276390
4.2232-4.44560.18581690.1622643281292
4.4456-4.72370.16431700.14682746291694
4.7237-5.08770.20771750.16692687286294
5.0877-5.59840.22321830.18482738292195
5.5984-6.40540.20081750.19812713288894
6.4054-8.05860.21861780.20522704288294
8.0586-39.21660.18571570.17882522267987

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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