PDB-4zp8: Coxsackievirus B3 Polymerase - F364L mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zp8

タイトル

Coxsackievirus B3 Polymerase - F364L mutant

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.894 Å

データ登録者

Peersen, O.B. / McDonald, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of a Genetically Stable High Fidelity Coxsackievirus B3 Polymerase That Attenuates Virus Growth in Vivo.
著者: McDonald, S. / Block, A. / Beaucourt, S. / Moratorio, G. / Vignuzzi, M. / Peersen, O.B.

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zp8.cif.gz	116.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zp8.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zp6C 4zp7C 4zp9C 4zpaC 4zpbC 4zpcC 4zpdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zpd-d 4zpc-d 4o4r-3 4zp7-d 4zp9-d 3ddk-d 4zp6-d 5ziu-d 3upf-2 1tp7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.221, 74.221, 289.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1018- HOH

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 52443.031 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1724-2185 / 変異: F364L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) プラスミド: pET26/Ub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UEA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.085 M Tris, 1.2 M Ammonium Sulfate , 25% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.894→52.482 Å / Num. obs: 122235 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 9.39 / Num. measured all: 851797

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.89-2.01		0.373	1.224	1.15	109241	19936	19184	1.348	96.2
2.01-2.15		0.709	0.642	2.22	119491	18626	18626	0.699	100
2.15-2.32		0.874	0.407	3.76	119940	17435	17435	0.44	100
2.32-2.54		0.946	0.286	5.84	119086	15961	15960	0.307	100
2.54-2.84		0.974	0.2	9.15	112060	14490	14490	0.214	100
2.84-3.28		0.989	0.129	15.71	96969	12755	12753	0.138	100
3.28-4.01		0.993	0.091	22.93	79105	10779	10776	0.098	100
4.01-5.66		0.995	0.075	26.4	61263	8369	8367	0.08	100
	5.66	0.998	0.056	26.87	34642	4657	4644	0.06	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.894→52.482 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	3733	3.06 %
R_work	0.1997	-	-
obs	0.2007	122088	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.894→52.482 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3630	0	0	567	4197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	5038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.052	2223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8942-1.9182	0.4045	112	0.3515	3627	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9182-1.9434	0.3827	137	0.3351	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9434-1.97	0.3604	132	0.3267	4389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.9982	0.2838	145	0.2919	4444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9982-2.028	0.3021	134	0.2787	4393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.028-2.0597	0.3135	139	0.2695	4452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0597-2.0935	0.2696	138	0.2575	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0935-2.1296	0.3181	142	0.2504	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1296-2.1683	0.2862	136	0.2374	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1683-2.21	0.2598	143	0.2386	4394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.2551	0.2911	139	0.2231	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.3042	0.2498	138	0.2152	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3042-2.3578	0.2386	139	0.2214	4368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3578-2.4167	0.2618	143	0.212	4426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4167-2.4821	0.2418	142	0.2116	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4821-2.5551	0.2174	142	0.2096	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5551-2.6376	0.2626	144	0.202	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6376-2.7318	0.2019	134	0.1999	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7318-2.8412	0.2484	142	0.2089	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8412-2.9705	0.2668	141	0.2013	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9705-3.1271	0.2222	140	0.195	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1271-3.323	0.2204	135	0.1871	4405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.323-3.5795	0.2249	136	0.1774	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5795-3.9396	0.2026	140	0.1611	4415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9396-4.5094	0.1657	143	0.1486	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5094-5.6803	0.1726	134	0.1587	4429	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6803-52.5023	0.2071	143	0.1792	4406	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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