PDB-4zp7: Coxsackievirus B3 Polymerase - F364V mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zp7

タイトル

Coxsackievirus B3 Polymerase - F364V mutant

要素

Genome polyprotein

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Peersen, O.B. / McDonald, S.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of a Genetically Stable High Fidelity Coxsackievirus B3 Polymerase That Attenuates Virus Growth in Vivo.
著者: McDonald, S. / Block, A. / Beaucourt, S. / Moratorio, G. / Vignuzzi, M. / Peersen, O.B.

履歴

登録	2015年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zp7.cif.gz	117.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zp7.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/4zp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zp6C 4zp8C 4zp9C 4zpaC 4zpbC 4zpcC 4zpdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zp6-d 4zp9-d 6r1i-2 4wfx-d 4zpd-d 4zp8-d 4r0e-d 5ziu-d 3ddk-d 3n6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.571, 74.571, 289.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-965- HOH
2	1	A-1033- HOH

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 52429.004 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1724-2185 / 変異: F364V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) プラスミド: pET26/Ub / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5UEA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.085 M Tris, 1.2 M Ammonium Sulfate , 25% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.901→52.73 Å / Num. obs: 122509 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.07 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 11.92 / Num. measured all: 863218

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-2.02		0.739	0.605	2.17	113878	19936	19552	0.664	98.1
2.02-2.16		0.901	0.362	4.07	121477	18618	18618	0.393	100
2.16-2.33		0.958	0.246	6.61	127384	17402	17402	0.265	100
2.33-2.55		0.979	0.179	9.4	120535	15971	15971	0.193	100
2.55-2.85		0.988	0.136	13.25	110470	14521	14521	0.146	100
2.85-3.29		0.993	0.098	19.59	95132	12724	12724	0.105	100
3.29-4.03		0.995	0.077	25.6	78609	10772	10772	0.082	100
4.03-5.68		0.997	0.067	27.8	61008	8338	8338	0.072	100
	5.68	0.998	0.054	27.78	34724	4616	4610	0.058	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.901→52.73 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2199	3711	3.03 %
R_work	0.1876	-	-
obs	0.1886	122500	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→52.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3643	0	0	577	4220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	5056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.99	2231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9009-1.9249	0.3209	122	0.3083	4031	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9249-1.9503	0.3129	139	0.2766	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9503-1.977	0.3203	141	0.2525	4371	X-RAY DIFFRACTION	100
1.977-2.0052	0.2977	143	0.2371	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0052-2.0351	0.2322	139	0.2332	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0351-2.0669	0.3152	141	0.2335	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0669-2.1008	0.2831	137	0.219	4391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1008-2.1371	0.2566	138	0.2162	4435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1371-2.1759	0.2361	130	0.1987	4356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1759-2.2178	0.2263	142	0.2044	4424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.263	0.2903	138	0.203	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.3123	0.189	141	0.1912	4398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3123-2.366	0.2144	141	0.2001	4361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.4252	0.2365	140	0.193	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4252-2.4908	0.2476	136	0.196	4431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4908-2.5641	0.1994	142	0.1969	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5641-2.6468	0.2486	135	0.1935	4378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6468-2.7414	0.277	137	0.1994	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7414-2.8512	0.2381	133	0.1987	4442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8512-2.9809	0.2505	139	0.1955	4403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9809-3.1381	0.236	133	0.1868	4405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1381-3.3347	0.2396	136	0.1863	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3347-3.5921	0.198	138	0.1702	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5921-3.9535	0.1855	139	0.1606	4423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9535-4.5253	0.1547	132	0.1418	4408	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5253-5.7003	0.1741	136	0.155	4427	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7003-52.7499	0.163	143	0.1747	4403	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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