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万見
- PDB-4zoc: Crystal Structure of mutant (D270A) beta-glucosidase from Listeri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zoc
タイトルCrystal Structure of mutant (D270A) beta-glucosidase from Listeria innocua in complex with sophorotriose
要素Lin1840 protein
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / beta-1 / 2-glucan degradation / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain ...Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua serovar 6a
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Nakajima, M. / Yoshida, R. / Miyanaga, A. / Abe, K. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Toyoizumi, H. / Nakai, H. / Kitaoka, M. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Functional and Structural Analysis of a beta-Glucosidase Involved in beta-1,2-Glucan Metabolism in Listeria innocua
著者: Nakajima, M. / Yoshida, R. / Miyanaga, A. / Abe, K. / Takahashi, Y. / Sugimoto, N. / Toyoizumi, H. / Nakai, H. / Kitaoka, M. / Taguchi, H.
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin1840 protein
B: Lin1840 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,7378
ポリマ－161,1442
非ポリマー5936
水23,4011299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area47440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.620, 94.860, 215.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1565-

HOH

21B-1486-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 724 / Label seq-ID: 1 - 724

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Lin1840 protein / Beta-glucosidase


分子量: 80572.031 Da / 分子数: 2 / 変異: K2E, D270A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain CLIP 11262) (バクテリア)
株: CLIP 11262 / 遺伝子: lin1840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92AS9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, NaCl, LiSO4, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月26日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→32.5 Å / Num. obs: 166046 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 8.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZOE

4zoe


解像度: 1.79→32.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.56 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 8390 5.1 %RANDOM
Rwork0.1411 ---
obs0.1438 157656 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.75 Å2 / Biso mean: 15.084 Å2 / Biso min: 4.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.01 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→32.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11184 0 44 1299 12527
Biso mean--19.4 22.74 -
残基数----1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01911538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9381.97815648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.376325476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59251470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75725.465516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.738152013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0121550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02113156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022454
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.656322563
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.3825381
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.866523271
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 46275 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.791→1.837 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 587 -
Rwork0.176 11382 -
all-11969 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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