PDB-4zn6: X-ray Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reducto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zn6

タイトル

X-ray Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acinetobacter baumannii

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / IspC / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acinetobacter baumannii
著者: Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zn6.cif.gz	312.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zn6.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zn6_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zn6_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	4zn6_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4zn6_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4zn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4zn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3anmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1onp-d 5krr-d 5dul-1 1jvs-d 5krv-d 5jo0-d 5kry-d 2egh-d 3ann-d 5ks1-d 4y67-d 4y6p-d 5jmw-d 3anl-d 5jmp-d 1ono-d 4kp7-d 5jc1-d 5kqo-d 5jbi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: AcbaC.01136.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.270, 65.430, 121.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.090, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 44095.648 Da / 分子数: 2 / 断片: AcbaC.01136.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: dxr, ABBFA_001475 / プラスミド: AcbaC.01136.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7H1U5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.45	49.75
2

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MCSG1 screen C8: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate:HCl pH 5.60, 25% PEG 4000
PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		2

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日

放射

モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 53531 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.43 Å² / R_merge F obs: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 10.23 / Num. measured all: 197745

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1		0.799	0.506	3.02	14766	3950	3936	0.59	99.6
2.1-2.16		0.864	0.418	3.56	14356	3847	3817	0.488	99.2
2.16-2.22		0.894	0.347	4.29	13992	3765	3736	0.405	99.2
2.22-2.29		0.923	0.291	5.02	13461	3630	3608	0.341	99.4
2.29-2.37		0.949	0.235	5.98	13066	3531	3514	0.276	99.5
2.37-2.45		0.958	0.206	6.54	12581	3400	3396	0.242	99.9
2.45-2.54		0.97	0.173	7.57	12166	3297	3284	0.203	99.6
2.54-2.65		0.979	0.144	8.62	11725	3178	3165	0.169	99.6
2.65-2.76		0.981	0.126	9.78	11225	3043	3038	0.148	99.8
2.76-2.9		0.984	0.105	11.31	10670	2898	2896	0.123	99.9
2.9-3.06		0.988	0.093	12.42	10242	2787	2779	0.109	99.7
3.06-3.24		0.992	0.078	14.23	9642	2635	2627	0.092	99.7
3.24-3.47		0.992	0.07	15.69	8972	2469	2464	0.082	99.8
3.47-3.74		0.992	0.062	18.16	8303	2294	2289	0.073	99.8
3.74-4.1		0.994	0.056	19.05	7695	2143	2136	0.065	99.7
4.1-4.58		0.994	0.054	19.95	6984	1939	1926	0.064	99.3
4.58-5.29		0.996	0.049	20.12	6256	1701	1700	0.057	99.9
5.29-6.48		0.996	0.047	18.64	5336	1450	1449	0.055	99.9
6.48-9.17		0.998	0.038	21.03	4132	1138	1138	0.045	100
	9.17	0.998	0.029	21.54	2175	649	633	0.035	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ANM

3anm

解像度: 2.05→41.755 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2158	2007	3.75 %	RANDOM
R_work	0.1717	51503	-	-
obs	0.1733	53510	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.86 Å² / B_iso mean: 25.1179 Å² / B_iso min: 10.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→41.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5781	0	23	617	6421
B_iso mean	-	-	37.35	32.61	-
残基数	-	-	-	-	780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5948
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	8117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.989	2139

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1013	0.3041	140	0.2395	3647	3787	100
2.1013-2.1581	0.2672	142	0.2084	3657	3799	99
2.1581-2.2216	0.2534	137	0.1906	3639	3776	99
2.2216-2.2933	0.2242	147	0.1775	3659	3806	99
2.2933-2.3752	0.2061	143	0.1736	3657	3800	100
2.3752-2.4703	0.2109	141	0.1814	3654	3795	100
2.4703-2.5827	0.2557	145	0.1769	3698	3843	100
2.5827-2.7189	0.2312	144	0.181	3659	3803	100
2.7189-2.8892	0.2238	140	0.1854	3662	3802	100
2.8892-3.1122	0.2234	144	0.1878	3669	3813	100
3.1122-3.4252	0.2628	144	0.1748	3706	3850	100
3.4252-3.9206	0.1985	147	0.1536	3686	3833	100
3.9206-4.9382	0.1508	143	0.1361	3719	3862	100
4.9382-41.7635	0.1876	150	0.161	3791	3941	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6349	-0.22	-0.1224	1.8193	1.2896	2.5937	-0.0523	0.0109	-0.0998	0.0574	0.0326	-0.0681	0.1818	-0.0485	0.0223	0.1482	-0.0084	0.0005	0.1169	0.0016	0.1691	7.3367	-31.8144	16.327
2	0.6561	0.519	0.646	1.0266	0.4698	0.9584	-0.0011	0.089	0.0004	-0.0056	-0.0069	0.0697	0.0021	-0.0045	-0.0027	0.1271	0.0094	-0.0081	0.1554	0.0121	0.2016	5.3222	-9.4806	13.2285
3	3.3385	0.1912	-0.9428	0.5943	0.0962	1.0429	0.0156	-0.0757	-0.0886	-0.0993	-0.0342	-0.082	0.0784	0.1563	-0.0053	0.1476	0.0119	-0.0122	0.1479	0.0235	0.1287	28.8002	-6.9371	11.1734
4	0.6533	-0.1807	-0.6267	0.5443	0.2685	1.4982	0.005	0.0808	0.0058	-0.0498	0.029	-0.0394	0.0336	-0.0094	-0.0406	0.1125	-0.0051	-0.0202	0.1314	0.0013	0.1606	21.5745	-6.4493	10.3769
5	0.6696	-0.0715	0.0738	1.7859	-0.3828	1.3192	-0.0416	-0.0629	0.0244	0.2428	0.0553	0.09	-0.2436	-0.1793	-0.0069	0.1919	0.0465	0.0029	0.1829	-0.0055	0.1531	5.1041	25.0858	45.3977
6	0.3112	-0.013	0.3049	0.6055	-0.0497	2.1738	-0.0176	-0.1164	-0.0169	0.1975	0.0271	-0.025	-0.1052	0.1837	-0.0096	0.2017	0.0146	-0.0121	0.189	-0.0009	0.1465	19.9639	5.6481	48.7221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 98 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 185 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 186 through 246 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 247 through 406 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 159 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 160 through 406 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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