PDB-4zm4: Complex structure of PctV K276R mutant with PMP and 3-dehydroshkimate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zm4

タイトル

Complex structure of PctV K276R mutant with PMP and 3-dehydroshkimate

要素

Aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / pyridoxal 5-phosphate / Aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces pactum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hirayama, A. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Mechanism-Based Trapping of the Quinonoid Intermediate by Using the K276R Mutant of PLP-Dependent 3-Aminobenzoate Synthase PctV in the Biosynthesis of Pactamycin.
著者: Hirayama, A. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.

履歴

登録	2015年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zm4.cif.gz	479.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zm4.ent.gz	394.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zm4_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zm4_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4zm4_validation.xml.gz	92.4 KB	表示
CIF形式データ	4zm4_validation.cif.gz	128 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zm3SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ykt-d 6k8h-d 5eud-d 3bs8-1 6sse-d 2w8u-1 4brq-d 3mau-1 5dj3-1 4zm3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

E: Aminotransferase

F: Aminotransferase

ヘテロ分子

289 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminotransferase

B: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminotransferase

D: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Aminotransferase

F: Aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.930, 178.930, 467.899
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	10 - 443	13 - 446
2	1	LEU	LEU	B	B	10 - 443	13 - 446
1	2	LEU	LEU	A	A	10 - 443	13 - 446
2	2	LEU	LEU	C	C	10 - 443	13 - 446
1	3	GLY	GLY	A	A	10 - 434	13 - 437
2	3	GLY	GLY	D	D	10 - 434	13 - 437
1	4	LEU	LEU	A	A	10 - 443	13 - 446
2	4	LEU	LEU	E	E	10 - 443	13 - 446
1	5	LEU	LEU	A	A	10 - 443	13 - 446
2	5	LEU	LEU	F	F	10 - 443	13 - 446
1	6	LEU	LEU	B	B	10 - 443	13 - 446
2	6	LEU	LEU	C	C	10 - 443	13 - 446
1	7	GLY	GLY	B	B	10 - 434	13 - 437
2	7	GLY	GLY	D	D	10 - 434	13 - 437
1	8	LEU	LEU	B	B	10 - 443	13 - 446
2	8	LEU	LEU	E	E	10 - 443	13 - 446
1	9	LEU	LEU	B	B	10 - 443	13 - 446
2	9	LEU	LEU	F	F	10 - 443	13 - 446
1	10	GLY	GLY	C	C	10 - 434	13 - 437
2	10	GLY	GLY	D	D	10 - 434	13 - 437
1	11	LEU	LEU	C	C	10 - 443	13 - 446
2	11	LEU	LEU	E	E	10 - 443	13 - 446
1	12	LEU	LEU	C	C	10 - 443	13 - 446
2	12	LEU	LEU	F	F	10 - 443	13 - 446
1	13	GLY	GLY	D	D	10 - 434	13 - 437
2	13	GLY	GLY	E	E	10 - 434	13 - 437
1	14	GLY	GLY	D	D	10 - 434	13 - 437
2	14	GLY	GLY	F	F	10 - 434	13 - 437
1	15	LEU	LEU	E	E	10 - 443	13 - 446
2	15	LEU	LEU	F	F	10 - 443	13 - 446

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Aminotransferase / Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase-like protein 分子量: 47834.445 Da / 分子数: 6 / 変異: K276R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces pactum (バクテリア) 遺伝子: pctV, ptmT / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8R0K5
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-P3B / (3E,4R,5R)-4,5-dihydroxy-3-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid 分子量: 402.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₂O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, MES-Na

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月26日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 102961 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZM3

4zm3

解像度: 2.4→29.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 9.022 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.611 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27756	5134	5 %	RANDOM
R_work	0.23802	-	-	-
obs	0.23999	97822	91.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.005 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0.07 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18832	0	118	767	19717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	19309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	18791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.972	26208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.163	3	42888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.188	5	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.608	22.227	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.731	15	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.848	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	22040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25946	0.05
1	2	B	25946	0.05
2	1	A	26074	0.04
2	2	C	26074	0.04
3	1	A	23446	0.06
3	2	D	23446	0.06
4	1	A	25958	0.05
4	2	E	25958	0.05
5	1	A	26125	0.04
5	2	F	26125	0.04
6	1	B	26117	0.04
6	2	C	26117	0.04
7	1	B	23406	0.06
7	2	D	23406	0.06
8	1	B	26266	0.05
8	2	E	26266	0.05
9	1	B	26020	0.04
9	2	F	26020	0.04
10	1	C	23453	0.05
10	2	D	23453	0.05
11	1	C	25937	0.04
11	2	E	25937	0.04
12	1	C	26152	0.03
12	2	F	26152	0.03
13	1	D	23439	0.06
13	2	E	23439	0.06
14	1	D	23502	0.05
14	2	F	23502	0.05
15	1	E	26120	0.04
15	2	F	26120	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	401	-
R_work	0.257	7250	-
obs	-	-	92.48 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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