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- PDB-4zlo: Serine/threonine-protein kinase PAK1 complexed with a dibenzodiaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlo
タイトルSerine/threonine-protein kinase PAK1 complexed with a dibenzodiazepine: identification of an allosteric site on PAK1
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 1
キーワードTransferase/transferase inhibitor / dibenzodazepine / PAK1 / kinase / allosteric inhibitor / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Activation of RAC1 / Ephrin signaling ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Activation of RAC1 / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of fibroblast migration / regulation of axonogenesis / RHOV GTPase cycle / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / branching morphogenesis of an epithelial tube / establishment of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / exocytosis / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOQ GTPase cycle / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / intercalated disc / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of protein targeting to membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of axon extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / collagen binding / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / cerebellum development / cellular response to starvation / neuron projection morphogenesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / Z disc / cellular response to insulin stimulus / G beta:gamma signalling through CDC42 / cell migration / cell-cell junction / lamellipodium / chromosome / actin cytoskeleton organization / nuclear membrane / response to hypoxia / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / chromatin remodeling / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / centrosome / DNA damage response / protein kinase binding / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4PV / Serine/threonine-protein kinase PAK 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bellamacina, C.R. / Bussiere, D.E.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Optimization of a Dibenzodiazepine Hit to a Potent and Selective Allosteric PAK1 Inhibitor.
著者: Karpov, A.S. / Amiri, P. / Bellamacina, C. / Bellance, M.H. / Breitenstein, W. / Daniel, D. / Denay, R. / Fabbro, D. / Fernandez, C. / Galuba, I. / Guerro-Lagasse, S. / Gutmann, S. / Hinh, L. ...著者: Karpov, A.S. / Amiri, P. / Bellamacina, C. / Bellance, M.H. / Breitenstein, W. / Daniel, D. / Denay, R. / Fabbro, D. / Fernandez, C. / Galuba, I. / Guerro-Lagasse, S. / Gutmann, S. / Hinh, L. / Jahnke, W. / Klopp, J. / Lai, A. / Lindvall, M.K. / Ma, S. / Mobitz, H. / Pecchi, S. / Rummel, G. / Shoemaker, K. / Trappe, J. / Voliva, C. / Cowan-Jacob, S.W. / Marzinzik, A.L.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0994
ポリマ－66,6782
非ポリマー4202
水2,180121
1
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子

B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0994
ポリマ－66,6782
非ポリマー4202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1520 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.514, 79.340, 65.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Alpha-PAK / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK


分子量: 33339.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue 177 is phosphorylated Threonine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-4PV / 2,8-difluoro-11-(4-methylpiperazin-1-yl)-5H-dibenzo[b,e][1,4]diazepine


分子量: 328.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F2N4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22-27% PEG3350, 500-700MM NACL, 100MM BIS-TRIS, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo conditions
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→62.5 Å / Num. all: 21368 / Num. obs: 21368 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.77 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.5→52.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9161 / SU R Cruickshank DPI: 0.477 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.459 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 1081 5.06 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.196 21368 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5514 Å20 Å2-7.5359 Å2
2---1.9211 Å20 Å2
3---4.4725 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.315 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→52.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 30 121 4217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014182HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.135674HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1429SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes616HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4182HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion581SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4808SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 123 4.61 %
Rwork0.2094 2545 -
all0.2125 2668 -
obs--98.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3221-0.6516-0.61352.0107-0.44072.08640.01820.22340.0221-0.1094-0.0894-0.15820.1047-0.07060.0712-0.1117-0.0430.011-0.11620.0036-0.113932.11595.1771-14.5141
23.3059-0.3145-1.2152.6534-0.52033.0827-0.17950.1178-0.32180.02550.00120.2681-0.0143-0.41360.1783-0.1796-0.06610.0196-0.1233-0.0205-0.2129-1.83210.976113.3558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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