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- PDB-4zlh: Structure of the LapB cytoplasmic domain at 2 angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlh
タイトルStructure of the LapB cytoplasmic domain at 2 angstroms
要素Lipopolysaccharide assembly protein B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nine TPR motifs Rubredoxin Lipopolysaccharide Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / : / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide assembly protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Prince, C.C. / Jia, Z.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: An Unexpected Duo: Rubredoxin Binds Nine TPR Motifs to Form LapB, an Essential Regulator of Lipopolysaccharide Synthesis.
著者: Prince, C. / Jia, Z.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide assembly protein B
B: Lipopolysaccharide assembly protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8704
ポリマ－77,7392
非ポリマー1312
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.310, 152.250, 65.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide assembly protein B


分子量: 38869.441 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 51-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: lapB, yciM, Z2526, ECs1853 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB60
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % / 解説: Plate clusters
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 25% PEG 3350, and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.28292 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28292 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.1 Å / Num. obs: 97844 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40.075 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 4488 4.59 %Random Selection
Rwork0.2032 ---
obs0.2056 97833 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5034 0 2 295 5331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1036900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5561851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.02280.36081460.3113062X-RAY DIFFRACTION96
2.0228-2.04660.30941460.28823064X-RAY DIFFRACTION97
2.0466-2.07160.29381350.27883039X-RAY DIFFRACTION97
2.0716-2.09780.31541610.27553126X-RAY DIFFRACTION97
2.0978-2.12540.29551410.2723096X-RAY DIFFRACTION96
2.1254-2.15450.30371560.25933007X-RAY DIFFRACTION98
2.1545-2.18530.30111490.25753113X-RAY DIFFRACTION98
2.1853-2.21790.29211660.23533061X-RAY DIFFRACTION97
2.2179-2.25260.29811400.2373162X-RAY DIFFRACTION97
2.2526-2.28950.25531640.22752996X-RAY DIFFRACTION98
2.2895-2.3290.29211330.22493134X-RAY DIFFRACTION98
2.329-2.37130.25041640.2423141X-RAY DIFFRACTION97
2.3713-2.41690.33411400.23493070X-RAY DIFFRACTION98
2.4169-2.46630.2941600.23763053X-RAY DIFFRACTION98
2.4663-2.51990.24471530.22263196X-RAY DIFFRACTION98
2.5199-2.57850.261390.20963099X-RAY DIFFRACTION98
2.5785-2.6430.29351460.22173077X-RAY DIFFRACTION99
2.643-2.71440.25981680.22493187X-RAY DIFFRACTION98
2.7144-2.79430.3361460.22553060X-RAY DIFFRACTION99
2.7943-2.88440.27311590.22683120X-RAY DIFFRACTION99
2.8844-2.98750.24651270.22193188X-RAY DIFFRACTION99
2.9875-3.10710.29361700.2183105X-RAY DIFFRACTION99
3.1071-3.24840.25611450.20213168X-RAY DIFFRACTION99
3.2484-3.41960.22461420.20213126X-RAY DIFFRACTION99
3.4196-3.63370.271460.17993128X-RAY DIFFRACTION99
3.6337-3.91410.23841600.16473128X-RAY DIFFRACTION99
3.9141-4.30750.19491490.16323175X-RAY DIFFRACTION99
4.3075-4.92990.20331470.16053143X-RAY DIFFRACTION100
4.9299-6.20740.27721350.21363171X-RAY DIFFRACTION100
6.2074-40.08330.21541550.17643150X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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