PDB-4zkv: Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zkv

タイトル

Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) refined to 1.92A at P21 space group

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Seda, A. / Nawrot, B.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2016
タイトル: Crystallographic studies of the complex of human HINT1 protein with a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Kaczmarek, R. / Seda, A. / Krakowiak, A. / Baraniak, J. / Nawrot, B.

履歴

登録	2015年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zkv.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zkv.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zkv_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zkv_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	4zkv_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4zkv_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/4zkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zklC 3tw2S 1kpc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rhn-1 4zkl-1 5waa-d 5ed3-d 5ipb-d 4zkl-2 6j5z-1 6n3x-d 6j65-1 6b42-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

C: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

D: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

D: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.214, 79.001, 63.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 126 / Label seq-ID: 12 - 126

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 18% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.761
1	1	h,-k,-l	2	0.239

反射

解像度: 1.92→46.21 Å / Num. obs: 34309 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2

解像度: 1.92→33.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 6.688 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28662	1697	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20892	-	-	-
obs	0.21274	32590	97.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.63 Å²	-0 Å²	-1.45 Å²
2-	-	22.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→33.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3568	0	10	751	4329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.882	1.956	5106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.825	3	8475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.965	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.068	23.865	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.294	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.977	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.562	1.016	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.562	1.016	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.909	1.521	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.909	1.521	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.58	1.061	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.525	1.058	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.833	1.573	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.15	9.489	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.704	8.431	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13450	0.08
1	2	B	13450	0.08
2	1	A	13612	0.07
2	2	C	13612	0.07
3	1	A	13408	0.08
3	2	D	13408	0.08
4	1	B	13470	0.06
4	2	C	13470	0.06
5	1	B	13356	0.07
5	2	D	13356	0.07
6	1	C	13322	0.08
6	2	D	13322	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.917→1.967 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	102	-
R_work	0.227	2257	-
obs	-	-	92.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7476	0.0932	-0.7732	0.0086	-0.0183	1.5046	-0.0044	0.0397	-0.0153	0.0022	-0.0071	-0.0029	0.0468	0.0248	0.0115	0.0584	-0.0678	0.011	0.1027	-0.0078	0.0042	3.6467	0.6948	6.8961
2	1.6747	-0.2141	0.4613	0.4219	-0.3902	1.775	-0.0248	-0.1422	0.1196	0.0985	-0.0064	-0.0242	-0.1485	0.0902	0.0312	0.0724	-0.0733	0.0119	0.1125	-0.0319	0.014	3.3742	3.3692	26.0409
3	1.2431	0.0744	-0.4751	0.7037	-0.4998	1.7861	-0.0454	0.0847	-0.0504	-0.0952	0.0045	-0.0702	0.1292	0.0262	0.0409	0.0616	-0.0701	0.0141	0.1163	-0.013	0.0108	-19.7315	-8.852	41.1311
4	1.404	0.0555	0.2813	0.2153	0.1777	1.6339	-0.0223	-0.0141	0.0479	-0.019	0.0167	-0.0394	-0.0505	0.0368	0.0056	0.0491	-0.0691	0.0141	0.0993	-0.0206	0.0132	-19.539	-6.2799	60.2006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	12 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 126

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関連情報:EMDBヘッダ

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