PDB-4zjn: Crystal structure of the bacteriophage G20C portal protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zjn

タイトル

Crystal structure of the bacteriophage G20C portal protein

要素

Portal protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / bacteriophage portal protein

機能・相同性

: / Phage P23-45 portal protein / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteriophage G20C (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Williams, L.S. / Turkenburg, J.P. / Levdikov, V.M. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Antson, A.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the bacteriophage G20C portal protein
著者: Williams, L.S. / Turkenburg, J.P. / Levdikov, V.M. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Antson, A.A.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zjn.cif.gz	492.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zjn.ent.gz	406.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ibg-1 5ngd-1 6qjt-1 4567 4891 7940 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

ヘテロ分子

142 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

ヘテロ分子

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

ヘテロ分子

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

ヘテロ分子

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
568 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.328, 155.328, 115.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Portal protein 分子量: 47214.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage G20C (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XXR3
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein in 1 M NaCl, 10 mM HEPES pH 7.5. Reservoir: 0.2 M magnesium chloride, 40%(v/v) MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→44.4 Å / Num. all: 98102 / Num. obs: 97710 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 4815 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.98→44.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.531 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	977	1 %	RANDOM
R_work	0.17465	-	-	-
obs	0.17496	96716	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.563 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.98→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9619	0	24	445	10088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	9901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.97	13444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.721	24.229	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.877	15	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.1	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.207	2.774	4931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.87	4.668	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.981	3.137	4970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.38	21.596	15359
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.087 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	126	-
R_work	0.235	13984	-
obs	-	-	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9934	1.5727	-0.2854	2.3426	-0.0995	0.6119	-0.1784	0.4099	-0.1156	-0.488	0.1635	-0.1044	0.0498	-0.0084	0.0149	0.2519	0.0048	0.0229	0.2366	-0.0399	0.0675	17.9044	61.0398	5.4411
2	6.1342	-0.1907	0.3563	0.7079	0.2234	0.4604	0.0755	-0.1699	-0.5727	0.0976	-0.0302	0.0307	0.2596	-0.0746	-0.0453	0.2233	-0.0034	0.0151	0.1478	0.0176	0.0693	0.5873	49.4514	87.565
3	1.2412	-0.2089	-0.1056	1.7767	0.4351	0.8493	-0.0091	0.026	-0.34	0.0172	-0.0065	-0.1101	0.2288	0.0758	0.0155	0.0715	0.0193	0.0122	0.0144	-0.008	0.113	10.7755	35.0508	35.1966
4	1.5224	-0.4776	-0.3548	1.5883	0.3798	0.7705	-0.0184	0.0106	-0.2097	-0.0238	0.0172	-0.2214	0.136	0.1698	0.0012	0.0412	0.0341	0.0125	0.0451	-0.0044	0.087	30.3785	46.1926	35.3047
5	1.7971	-0.3057	-0.4466	1.2178	0.1343	0.7888	-0.006	-0.0285	-0.0656	-0.0186	0.0073	-0.3318	0.0368	0.2213	-0.0013	0.0147	0.0136	0.0116	0.0687	0.0011	0.1059	42.0332	65.5202	35.4061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	382 - 436
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	382 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	382 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	243 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	243 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	2	C	243 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	289 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	500
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	26 - 242
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	289 - 381
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	500
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	27 - 242
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	289 - 381
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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