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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zio | ||||||
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タイトル | Irradiated state of mCherry143azF | ||||||
![]() | mCherry | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / mCherry / fluorescence / non-natural amino acids / UV irradiation / photoactivation / photodeactivation | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reddington, S.C. / Driezis, S. / Hartley, A.M. / Watson, P.D. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Genetically encoded phenyl azide photochemistry drives positive and negative functional modulation of a red fluorescent protein 著者: Reddington, S.C. / Driezis, S. / Hartley, A.M. / Watson, P.D. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 275 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24755.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Sitting drop / PH範囲: 7.9-8.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月22日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→84.99 Å / Num. obs: 46254 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.58 Å2 / Biso mean: 49.607 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→84.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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