PDB-4zgw: Short-chain dehydrogenase/reductase from Serratia marcescens BCRC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zgw

タイトル

Short-chain dehydrogenase/reductase from Serratia marcescens BCRC 10948

要素

short-chain dehydrogenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase Serratia marcescens

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Wang, W.-C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Stereoselective synthesis of (R)-phenylephrine using recombinant Escherichia coli cells expressing a novel short-chain dehydrogenase/reductase gene from Serratia marcescens BCRC 10948
著者: Hsu, W.H.

履歴

登録	2015年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zgw.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zgw.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/4zgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v2gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pre-d 6vb7-d 1fx4-1 2ekq-4 3qq3-1 5wul-d 3rwd-2 6yq3-d 2ve6-2 4jp2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: short-chain dehydrogenase/reductase

B: short-chain dehydrogenase/reductase

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.871, 83.871, 115.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-431- HOH
2	1	B-424- HOH

#1: タンパク質	short-chain dehydrogenase/reductase 分子量: 29653.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: BCRC 10948 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: V5YUZ7*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE N-TERMINAL AMINO ACIDS 1-39 ARE SEGEMENTS ON THE PET30A PLASMID.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8 M sodium formate, 0.1 M sodium cacodylate, 25% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月18日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→20 Å / Num. obs: 69956 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 36.66
反射シェル	解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.44 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		data processing
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V2G

3v2g

解像度: 1.47→19.889 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.025 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19125	3392	5 %	RANDOM
R_work	0.16618	-	-	-
obs	0.1674	65062	97.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→19.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3318	0	0	298	3616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.035	0.022	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.919	1.951	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.965	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.303	23.769	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.105	15	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.674	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.314	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.788	1.5	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.977	2	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.455	3	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.153	4.5	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.471→1.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	217	-
R_work	0.215	3986	-
obs	-	-	82.67 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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