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- PDB-4zgh: Structure of Sugar Binding Protein Pneumolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zgh
タイトルStructure of Sugar Binding Protein Pneumolysin
要素Pneumolysin
キーワードSugar binding protein / toxin / beta-CFT
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like ...Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GOLD (I) CYANIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pneumolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Parker, M.W. / Feil, S.C. / Morton, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pneumolysin provides key insights into early steps of pore formation.
著者: Lawrence, S.L. / Feil, S.C. / Morton, C.J. / Farrand, A.J. / Mulhern, T.D. / Gorman, M.A. / Wade, K.R. / Tweten, R.K. / Parker, M.W.
履歴
登録2015年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list ...diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pneumolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,69210
ポリマ－53,6721
非ポリマー1,0219
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.857, 133.619, 220.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pneumolysin / Thiol-activated cytolysin


分子量: 53671.816 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-470 / 変異: N56S, K208R, E311D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: ply, SPD_1726 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04IN8
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-AUC / GOLD (I) CYANIDE ION


分子量: 249.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2AuN2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 10% glycerol, 10% ethylene glycol, 100 mM HEPES buffer, 5 mM potassium gold cyanide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→44.54 Å / Num. obs: 17539 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52.46 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 105956
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.9-3.076.10.6933.21659027150.8970.30296.6
8.69-44.545.10.04532.939247740.9990.02199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å41.87 Å
Translation2.9 Å41.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.4データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HVN

1hvn


解像度: 2.9→42.513 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 1577 5.04 %
Rwork0.1992 --
obs0.2045 17450 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3744 0 39 29 3812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0223849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9555212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3611412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.99410.39071310.2992600X-RAY DIFFRACTION95
2.9941-3.10110.37351500.26652832X-RAY DIFFRACTION100
3.1011-3.22520.29661400.23862595X-RAY DIFFRACTION100
3.2252-3.37190.29911430.22392683X-RAY DIFFRACTION100
3.3719-3.54960.31561180.21242865X-RAY DIFFRACTION100
3.5496-3.77190.30431610.1972571X-RAY DIFFRACTION100
3.7719-4.06290.31360.18552779X-RAY DIFFRACTION100
4.0629-4.47140.31641640.18142630X-RAY DIFFRACTION100
4.4714-5.11740.28841620.1592743X-RAY DIFFRACTION100
5.1174-6.44380.37341420.19962723X-RAY DIFFRACTION100
6.4438-42.51760.23841300.1842700X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0037-0.2912-0.09121.96731.6680.50430.12520.2812-0.2543-0.4853-0.1769-0.101-0.1443-0.24880.00010.63420.13930.01340.6788-0.09470.5498-10.219615.4922-51.7535
21.1203-0.7669-0.24783.17531.00781.64350.05770.212-0.3833-0.133-0.0174-0.13860.2728-0.2710.00560.309-0.0613-0.03160.4531-0.12090.4786-9.22857.2659-36.0319
30.160.1462-0.02480.1314-0.00630.0244-0.56740.1677-0.52450.2318-0.06730.34580.2247-0.2858-0.00121.25840.17270.00351.0788-0.21670.9204-10.1387-14.8034-62.2358
40.25330.1732-0.32560.4914-0.17930.3723-0.182-0.2497-0.4202-0.24030.4816-0.54571.27230.5675-0.00290.854-0.0165-0.06360.6661-0.16740.8304-2.6854-9.8837-44.0038
50.04-0.4396-0.41140.39610.68160.31190.34870.6584-0.0365-0.8232-0.2749-0.2536-0.0317-0.1578-0.04260.85460.10660.05560.1812-0.2210.5292-12.309610.0247-53.3389
61.14870.52840.1541.7216-0.35090.83470.1873-0.14480.32210.15370.06490.0923-0.56540.17630.00380.5584-0.06990.08930.38-0.07970.4426-1.0169-17.3354-97.391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -2:67 )A-2 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 68:252 )A68 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 253:281 )A253 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 282:329 )A282 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 330:361 )A330 - 361
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 362:470 )A362 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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