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- PDB-4zgg: Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zgg
タイトルCrystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution
要素Protein deglycase DJ-1
キーワードCHAPERONE / Parkinson disease / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology / NHRs / Partnership for T-Cell Biology / TCELL / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / protein deglycase activity / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate biosynthetic process / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cupric ion binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / oxygen sensor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / androgen receptor signaling pathway / ubiquitin-specific protease binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein ubiquitination / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / Late endosomal microautophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / adherens junction / mitochondrion organization / positive regulation of protein-containing complex assembly / enzyme activator activity / PML body / Chaperone Mediated Autophagy / mitochondrial intermembrane space / Aggrephagy / autophagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology (NHRS) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology (NHRs) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / entity_src_gen ...audit_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年2月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,82911
ポリマ－20,2091
非ポリマー62110
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子

A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,65922
ポリマ－40,4172
非ポリマー1,24120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6200 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.002, 75.002, 74.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein deglycase DJ-1 / DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20208.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 5.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.23→29.796 Å / Num. all: 69760 / Num. obs: 69760 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 3.912 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 479140
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.23-1.264.10.9130.8040.91848244730.4220.9130.80411.786.1
1.26-1.35.10.7550.6791.12334346080.3240.7550.6792.291.6
1.3-1.336.50.6260.5771.33174048600.2420.6260.5772.999
1.33-1.387.10.530.4911.53428047970.1970.530.4913.5100
1.38-1.427.20.4470.4151.83355846720.1660.4470.4154.1100
1.42-1.477.20.3650.3382.23259345160.1350.3650.3384.8100
1.47-1.537.20.2980.2772.73137643340.110.2980.2775.6100
1.53-1.597.30.2580.243.13008541410.0960.2580.246.4100
1.59-1.667.30.2230.2073.52963640630.0820.2230.2077.4100
1.66-1.747.30.1920.17842802238320.070.1920.1788.3100
1.74-1.837.30.1690.1574.42685736620.0620.1690.1579.6100
1.83-1.947.30.1480.1384.92546734740.0550.1480.13811100
1.94-2.087.40.1380.1285.12415432840.050.1380.12812.8100
2.08-2.257.40.1230.1145.72227230270.0450.1230.11414.4100
2.25-2.467.40.110.1026.52097128410.040.110.10215.5100
2.46-2.757.40.1090.1016.41872625440.040.1090.10116.3100
2.75-3.187.30.1070.16.51661422690.0390.1070.117.3100
3.18-3.897.30.0810.0758.41421819500.030.0810.07518.9100
3.89-5.57.20.0730.0689.31092915280.0270.0730.06819.2100
5.5-29.7966.60.0870.088.258178850.0330.0870.0817.198.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.23→29.796 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 4. EDO MODELED WAS PRESENT IN CRYO CONDITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1339 3374 4.8 %RANDOM
Rwork0.1164 66326 --
obs0.1172 69700 98.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.57 Å2 / Biso mean: 17.4434 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→29.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 40 198 1634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6972.0092100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09133785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1575219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15725.45555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.47415298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.353158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0642.409801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9922.402800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0344.5421009
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.71733187
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.1295129
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.77353237
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 192 -
Rwork0.287 4272 -
all-4464 -
obs--85.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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