[日本語] English
万見
- PDB-4zg8: Crystal structure of Endoglucanase from Perinereis brevicirris -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zg8
タイトルCrystal structure of Endoglucanase from Perinereis brevicirris
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / Endoglucanase / Polychaete / Annelid
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase ...Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Perinereis brevicirris (いそごかい)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Fewings, R.S. / Swiderska, A. / Sanchez-Weatherby, J. / Sorensen, T.L.-M. / Schnorr, K.M. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biophysical and structural characterisation of the endoglucanase from Perinereis brevicirris
著者: Fewings, R.S.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,51114
ポリマ－93,6302
非ポリマー88112
水19,4201078
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1567
ポリマ－46,8151
非ポリマー3416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3557
ポリマ－46,8151
非ポリマー5406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.600, 110.340, 113.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 46814.984 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-444 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Perinereis brevicirris (いそごかい)
遺伝子: pnbEG / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: F2Z7L1, cellulase

-
非ポリマー , 5種, 1090分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1078 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH5.5, 300 mM NaCl 25% PEG 3350 / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→22.41 Å / Num. obs: 188755 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 906572 / Scaling rejects: 148
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2% possible all
1.39-1.414.80.82.24440292820.69799.9
7.62-22.415.20.05520.6653712460.99196.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.08 Å22.41 Å
Translation6.08 Å22.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WC3

3wc3


解像度: 1.39→22.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / WRfactor Rfree: 0.136 / WRfactor Rwork: 0.1051 / FOM work R set: 0.8998 / SU B: 2.037 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0415 / SU Rfree: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1479 9289 4.9 %RANDOM
Rwork0.1098 ---
obs0.1117 179248 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.44 Å2 / Biso mean: 17.625 Å2 / Biso min: 7.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2--2.72 Å2-0 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→22.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6603 0 51 1078 7732
Biso mean--33.48 34.7 -
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0197042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.9289646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.067314024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6275907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29224.409372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.5915979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8691.4693502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8651.4683501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1632.2184406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.654313133
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.4375286
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.951513716
LS精密化 シェル解像度: 1.391→1.427 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 714 -
Rwork0.223 13142 -
all-13856 -
obs--99.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る