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- PDB-4zex: Crystal structure of PfHAD1 in complex with glyceraldehyde-3-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zex
タイトルCrystal structure of PfHAD1 in complex with glyceraldehyde-3-phosphate
要素PfHAD1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / C2 HAD / sugar phosphatase / haloacid-dehalogenase / glyceraldehyde-3-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用 / negative regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / sugar-phosphatase activity / dephosphorylation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Haloacid dehalogenase-like hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Park, J. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Children's Discovery Institue of Washington University and St. Louis Children's HospitalMD-LI-2011-171 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI103280 米国
Burroughs Wellcome Fund1013514 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Cap-domain closure enables diverse substrate recognition by the C2-type haloacid dehalogenase-like sugar phosphatase Plasmodium falciparum HAD1.
著者: Park, J. / Guggisberg, A.M. / Odom, A.R. / Tolia, N.H.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PfHAD1
B: PfHAD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0556
ポリマ－67,7412
非ポリマー3144
水5,332296
1
A: PfHAD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0653
ポリマ－33,8711
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PfHAD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9903
ポリマ－33,8711
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.600, 44.600, 84.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PfHAD1


分子量: 33870.641 Da / 分子数: 2 / 変異: D27A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF10_0325 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8IJ74
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 38024 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.79 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 13.78
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4QJB

4qjb


解像度: 2→19.93 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1855 4.88 %Random selection
Rwork0.173 ---
obs0.176 38024 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4472 0 17 296 4785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9696210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6491732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0540.3081460.26152710X-RAY DIFFRACTION98
2.054-2.11440.28361370.24572756X-RAY DIFFRACTION97
2.1144-2.18260.23841420.21722752X-RAY DIFFRACTION99
2.1826-2.26050.2731380.2022713X-RAY DIFFRACTION97
2.2605-2.35080.25841510.2022747X-RAY DIFFRACTION98
2.3508-2.45770.21351380.18792777X-RAY DIFFRACTION99
2.4577-2.5870.24661400.19042775X-RAY DIFFRACTION99
2.587-2.74870.22531380.19352771X-RAY DIFFRACTION99
2.7487-2.96030.24741500.18392790X-RAY DIFFRACTION99
2.9603-3.2570.25561400.17172783X-RAY DIFFRACTION99
3.257-3.72560.2331420.15452830X-RAY DIFFRACTION99
3.7256-4.68380.15041410.132853X-RAY DIFFRACTION100
4.6838-19.93310.18641520.1482912X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7159 Å / Origin y: 29.9291 Å / Origin z: 20.0073 Å
111213212223313233
T0.1757 Å2-0.0051 Å20.0207 Å2-0.13 Å20.0144 Å2--0.1474 Å2
L0.9087 °2-0.1004 °20.2011 °2-0.3308 °2-0.1122 °2--0.4349 °2
S-0.0211 Å °-0.177 Å °-0.0708 Å °0.0284 Å °0.0232 Å °0.0013 Å °0.0372 Å °0.0136 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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