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- PDB-4zd6: Halohydrin hydrogen-halide-lyase, HheB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zd6
タイトルHalohydrin hydrogen-halide-lyase, HheB
要素Halohydrin epoxidase B
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Halohydrin epoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of halohydrin hydrogen-halide-lyases from Corynebacterium sp. N-1074
著者: Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halohydrin epoxidase B
B: Halohydrin epoxidase B
C: Halohydrin epoxidase B
D: Halohydrin epoxidase B
E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,42116
ポリマ－151,9416
非ポリマー48110
水18,8261045
1
A: Halohydrin epoxidase B
B: Halohydrin epoxidase B
C: Halohydrin epoxidase B
D: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6319
ポリマ－101,2944
非ポリマー3375
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14580 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
2
E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子

E: Halohydrin epoxidase B
F: Halohydrin epoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,58114
ポリマ－101,2944
非ポリマー28810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area14320 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.484, 216.380, 104.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-304-

MG

21E-476-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Halohydrin epoxidase B


分子量: 25323.432 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 11-235 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
遺伝子: hheB / プラスミド: pSTT002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q46347
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: polyethylene glycol 4000, magnesium chloride, calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 158218 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2152-000)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→35.31 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 7926 5.02 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1766 157936 87.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10596 0 21 1045 11662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79114746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7586353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5999-1.61810.23653020.1975260X-RAY DIFFRACTION93
1.6181-1.63720.25332920.18795603X-RAY DIFFRACTION99
1.6372-1.65710.23153400.18985580X-RAY DIFFRACTION99
1.6571-1.67810.20833000.17975626X-RAY DIFFRACTION100
1.6781-1.70020.22533210.17425628X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.72350.21573010.1675687X-RAY DIFFRACTION100
1.7235-1.74810.21952700.16695664X-RAY DIFFRACTION100
1.7481-1.77420.22652880.1665657X-RAY DIFFRACTION100
1.7742-1.80190.21893130.16755673X-RAY DIFFRACTION100
1.8019-1.83140.21632920.16855647X-RAY DIFFRACTION100
1.8314-1.8630.23472760.18375697X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.89690.32371550.25582911X-RAY DIFFRACTION91
1.8969-1.93340.5996380.51741078X-RAY DIFFRACTION60
1.9334-1.97280.33812500.27434772X-RAY DIFFRACTION92
1.9728-2.01570.21582900.18215659X-RAY DIFFRACTION100
2.0157-2.06260.19792890.16795696X-RAY DIFFRACTION100
2.0626-2.11420.21552810.16525711X-RAY DIFFRACTION100
2.1142-2.17140.19543110.16815699X-RAY DIFFRACTION100
2.1714-2.23520.22111530.19552664X-RAY DIFFRACTION88
2.2352-2.30740.2281650.20721112X-RAY DIFFRACTION80
2.3074-2.38980.19012820.17185730X-RAY DIFFRACTION100
2.3898-2.48550.20553240.16665662X-RAY DIFFRACTION100
2.4855-2.59860.18933360.17215650X-RAY DIFFRACTION100
2.5986-2.73550.20213060.17225697X-RAY DIFFRACTION100
2.7355-2.90680.23352910.17445728X-RAY DIFFRACTION99
2.9068-3.13120.19112860.17485717X-RAY DIFFRACTION99
3.1312-3.4460.21532930.17245728X-RAY DIFFRACTION99
3.446-3.94410.17321200.16592238X-RAY DIFFRACTION44
3.9441-4.96690.15272580.13825251X-RAY DIFFRACTION96
4.9669-35.31880.17473030.1575585X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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