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- PDB-4zcu: Structure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zcu
タイトルStructure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/Pi carrier in the P2 form
要素Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EF-hand / ATP-Mg/Pi / carrier / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:phosphate antiporter activity / ADP:phosphate antiporter activity / ADP transport / adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / mitochondrial ATP transmembrane transport / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / mitochondrial transport / cellular response to calcium ion ...ATP:phosphate antiporter activity / ADP:phosphate antiporter activity / ADP transport / adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / mitochondrial ATP transmembrane transport / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / mitochondrial transport / cellular response to calcium ion / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Graves disease carrier protein / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Graves disease carrier protein / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial adenyl nucleotide antiporter SLC25A24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Harborne, S.P.D. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Calcium-induced conformational changes in the regulatory domain of the human mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier.
著者: Harborne, S.P. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
C: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,32028
ポリマ－56,6103
非ポリマー1,71025
水3,027168
1
A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,50310
ポリマ－18,8701
非ポリマー6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,50310
ポリマ－18,8701
非ポリマー6339
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3148
ポリマ－18,8701
非ポリマー4457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.080, 47.020, 93.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1 / Mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier protein 1 / Mitochondrial Ca(2+)-dependent solute carrier protein 1 ...Mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier protein 1 / Mitochondrial Ca(2+)-dependent solute carrier protein 1 / Small calcium-binding mitochondrial carrier protein 1 / Solute carrier family 25 member 24


分子量: 18869.922 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 14-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC25A24, APC1, MCSC1, SCAMC1 / プラスミド: pNZ8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: Q6NUK1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 % / 解説: Square-plate-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 29% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.393 Å / Num. obs: 36885 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.53 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 118930 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.1-2.163.20.9581.4984230500.5260.633100
8.91-39.3930.02225.515375120.9990.01596.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.35 Å39.39 Å
Translation6.86 Å39.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1488精密化
iMOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.2.14データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N5X

4n5x


解像度: 2.1→39.393 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 1867 5.06 %
Rwork0.2364 --
obs0.2383 36863 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 11 168 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8295100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4241403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15680.33841430.32522677X-RAY DIFFRACTION100
2.1568-2.22030.34781440.33082696X-RAY DIFFRACTION100
2.2203-2.29190.35141430.31972669X-RAY DIFFRACTION100
2.2919-2.37380.3421490.28722677X-RAY DIFFRACTION100
2.3738-2.46890.34911220.29562708X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.58120.34371470.28842641X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.71730.32721400.27312699X-RAY DIFFRACTION100
2.7173-2.88750.2951480.25452675X-RAY DIFFRACTION100
2.8875-3.11030.32641270.25122711X-RAY DIFFRACTION100
3.1103-3.42320.2751570.23522673X-RAY DIFFRACTION100
3.4232-3.91810.22881470.19842708X-RAY DIFFRACTION99
3.9181-4.93490.22011560.17572701X-RAY DIFFRACTION99
4.9349-39.39970.22491440.20062761X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5904-2.6646-1.01437.5060.25663.28120.0836-0.54540.131-0.17630.45110.1410.0901-0.6757-0.44840.1846-0.0353-0.02070.3220.09020.1661-4.916528.731339.5317
22.3344.22411.06779.04863.10181.4342-0.28530.52630.1944-0.45220.23810.5303-0.5233-0.21510.01130.35250.1007-0.19430.2977-0.0330.3275-12.115221.579328.1307
38.981-4.7761.1342.5804-0.78934.9999-0.0613-0.3767-0.613-0.30410.06640.7210.2039-0.6279-0.0930.2136-0.01090.03460.2921-0.00360.3335-17.17490.182630.6314
47.2356-4.61614.74257.52062.29749.3087-0.3646-1.1551-0.35791.21820.0430.9860.0762-1.7460.30610.38010.08380.06350.5098-0.11760.427-20.307311.558436.8069
51.25250.8434-1.64952.0309-1.13653.7374-0.6049-0.2230.25890.21850.1353-0.95730.03530.09530.38490.35070.0829-0.11060.1735-0.09480.4082-6.48167.839434.19
62.0069-2.8595-2.66695.97931.62356.0774-0.2999-0.46570.6731-0.23010.497-1.841-0.29031.7622-0.34650.3443-0.0222-0.04710.9125-0.33670.78523.021919.44937.5654
73.8603-0.1297-1.10257.96970.37920.85650.13-0.69830.653-0.11820.3082-0.5346-0.0630.5639-0.40240.2149-0.00020.04110.2857-0.15240.323610.957423.439439.9395
81.7293.2877-0.48036.9983-1.76411.0612-0.21440.26-0.2209-0.47790.0541-0.55030.04960.26790.05010.35440.04610.27010.2845-0.00320.607823.931734.192527.7809
92.578-2.2246-0.86592.9805-1.45664.84280.1388-0.76080.478-0.31270.1784-0.6841-0.0840.3385-0.24010.33680.065-0.01030.3646-0.0870.373423.097653.320731.5924
100.3404-0.69920.07281.4354-0.17173.3347-0.2937-1.42792.76770.27760.0563-1.5607-0.77391.81670.13110.28820.04190.06291.0042-0.11570.962730.99244.531639.2771
110.2676-1.29060.02596.6712-0.37733.5788-0.6795-0.3374-0.65580.39390.12520.43950.35450.24550.40320.36590.11580.17380.230.18070.5518.558241.492434.3895
124.46030.80495.17333.6361-2.32489.0319-0.05730.64870.2163-0.44070.52060.71080.0824-1.9475-0.45910.5747-0.04210.10390.6870.1270.3839-3.4441-22.46335.8899
138.87571.21026.28239.59273.60736.13180.28870.7484-0.792-0.65040.0343-1.78160.4380.7574-0.3230.57040.01340.1370.2784-0.05480.75877.6212-27.63787.3253
142.1125-2.5942.62874.4191-4.3894.3602-0.19091.16740.7606-0.73950.1398-1.3221-0.67650.45740.09830.6293-0.11360.14260.40140.08340.54838.5048-15.49883.6554
155.68584.30261.52198.4232-3.90425.3535-0.00780.08480.84070.5796-0.2196-0.9044-1.32950.41080.17670.8945-0.190.37340.4829-0.21241.22628.5642-12.274614.5048
164.0121.04762.55854.8083-5.36899.66910.2976-0.8501-0.71591.2267-0.3514-0.7008-0.3069-0.35490.09790.8202-0.11470.02050.31730.09150.46796.5128-22.848519.2225
170.8599-1.2743-0.22077.6764-0.13631.2936-0.0491-0.0922-0.23990.6951-0.04450.99970.2848-0.52950.07020.6025-0.18970.38340.4089-0.15540.6128-9.5802-8.099513.0553
182.9902-0.0596-2.23782.879-1.71348.7429-0.41181.028-0.1639-0.16020.17850.049-0.0777-0.42740.28270.4916-0.14330.05870.3773-0.03870.3719-6.68710.826310.0433
190.9997-0.692-0.07643.01523.1054.4679-0.17050.5463-0.357-0.5333-0.17160.2195-0.0626-0.53190.50720.9487-0.34840.5550.2755-0.75730.6263-5.8228-4.56236.359
203.66512.4263-1.8168.7545-4.64115.7318-0.14280.0148-0.08760.1821-0.1658-1.4634-0.29820.31410.2940.6006-0.16270.21590.2429-0.16910.71641.95364.89513.3613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 134 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 31 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 76 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 107 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 108 through 133 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 134 through 143 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 144 through 174 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 22 through 31 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 32 through 40 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 41 through 56 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 57 through 67 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 68 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 77 through 107 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 108 through 134 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 135 through 158 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 159 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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