PDB-4zcu: Structure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zcu

タイトル

Structure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/Pi carrier in the P2 form

要素

Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / EF-hand / ATP-Mg/Pi / carrier / calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / ATP:phosphate antiporter activity / ADP:phosphate antiporter activity / ADP transport / mitochondrial ATP transmembrane transport / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / mitochondrial transport / cellular response to calcium ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Harborne, S.P.D. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Calcium-induced conformational changes in the regulatory domain of the human mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier.
著者: Harborne, S.P. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.

履歴

登録	2015年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zcu.cif.gz	211.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zcu.ent.gz	169.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zcvC 4n5xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zcv-2 2f5y-d 4zcv-3 3cxj-2 3cxj-4 3so0-3 3cxj-5 1oeb-d 2d3g-d 2qac-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

C: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

ヘテロ分子

58.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.080, 47.020, 93.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1 / Mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier protein 1 / Mitochondrial Ca(2+)-dependent solute carrier protein 1 ...Mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier protein 1 / Mitochondrial Ca(2+)-dependent solute carrier protein 1 / Small calcium-binding mitochondrial carrier protein 1 / Solute carrier family 25 member 24 分子量: 18869.922 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 14-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC25A24, APC1, MCSC1, SCAMC1 / プラスミド: pNZ8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: Q6NUK1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 % / 解説: Square-plate-like
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 29% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 85 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→39.393 Å / Num. obs: 36885 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.53 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 118930 / Scaling rejects: 28

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.1-2.16	3.2	0.958	1.4	9842	3050	0.526	0.633	100
8.91-39.39	3	0.022	25.5	1537	512	0.999	0.015	96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.35 Å	39.39 Å
Translation	6.86 Å	39.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1488	精密化
iMOSFLM	7.1.0	データ削減
Aimless	0.2.14	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N5X

4n5x

解像度: 2.1→39.393 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2745	1867	5.06 %
R_work	0.2364	-	-
obs	0.2383	36863	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3747	0	11	168	3926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	5100
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.424	1403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1568	0.3384	143	0.3252	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1568-2.2203	0.3478	144	0.3308	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2203-2.2919	0.3514	143	0.3197	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2919-2.3738	0.342	149	0.2872	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3738-2.4689	0.3491	122	0.2956	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4689-2.5812	0.3437	147	0.2884	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5812-2.7173	0.3272	140	0.2731	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7173-2.8875	0.295	148	0.2545	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8875-3.1103	0.3264	127	0.2512	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1103-3.4232	0.275	157	0.2352	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4232-3.9181	0.2288	147	0.1984	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9181-4.9349	0.2201	156	0.1757	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9349-39.3997	0.2249	144	0.2006	2761	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5904	-2.6646	-1.0143	7.506	0.2566	3.2812	0.0836	-0.5454	0.131	-0.1763	0.4511	0.141	0.0901	-0.6757	-0.4484	0.1846	-0.0353	-0.0207	0.322	0.0902	0.1661	-4.9165	28.7313	39.5317
2	2.334	4.2241	1.0677	9.0486	3.1018	1.4342	-0.2853	0.5263	0.1944	-0.4522	0.2381	0.5303	-0.5233	-0.2151	0.0113	0.3525	0.1007	-0.1943	0.2977	-0.033	0.3275	-12.1152	21.5793	28.1307
3	8.981	-4.776	1.134	2.5804	-0.7893	4.9999	-0.0613	-0.3767	-0.613	-0.3041	0.0664	0.721	0.2039	-0.6279	-0.093	0.2136	-0.0109	0.0346	0.2921	-0.0036	0.3335	-17.1749	0.1826	30.6314
4	7.2356	-4.6161	4.7425	7.5206	2.2974	9.3087	-0.3646	-1.1551	-0.3579	1.2182	0.043	0.986	0.0762	-1.746	0.3061	0.3801	0.0838	0.0635	0.5098	-0.1176	0.427	-20.3073	11.5584	36.8069
5	1.2525	0.8434	-1.6495	2.0309	-1.1365	3.7374	-0.6049	-0.223	0.2589	0.2185	0.1353	-0.9573	0.0353	0.0953	0.3849	0.3507	0.0829	-0.1106	0.1735	-0.0948	0.4082	-6.4816	7.8394	34.19
6	2.0069	-2.8595	-2.6669	5.9793	1.6235	6.0774	-0.2999	-0.4657	0.6731	-0.2301	0.497	-1.841	-0.2903	1.7622	-0.3465	0.3443	-0.0222	-0.0471	0.9125	-0.3367	0.785	23.0219	19.449	37.5654
7	3.8603	-0.1297	-1.1025	7.9697	0.3792	0.8565	0.13	-0.6983	0.653	-0.1182	0.3082	-0.5346	-0.063	0.5639	-0.4024	0.2149	-0.0002	0.0411	0.2857	-0.1524	0.3236	10.9574	23.4394	39.9395
8	1.729	3.2877	-0.4803	6.9983	-1.7641	1.0612	-0.2144	0.26	-0.2209	-0.4779	0.0541	-0.5503	0.0496	0.2679	0.0501	0.3544	0.0461	0.2701	0.2845	-0.0032	0.6078	23.9317	34.1925	27.7809
9	2.578	-2.2246	-0.8659	2.9805	-1.4566	4.8428	0.1388	-0.7608	0.478	-0.3127	0.1784	-0.6841	-0.084	0.3385	-0.2401	0.3368	0.065	-0.0103	0.3646	-0.087	0.3734	23.0976	53.3207	31.5924
10	0.3404	-0.6992	0.0728	1.4354	-0.1717	3.3347	-0.2937	-1.4279	2.7677	0.2776	0.0563	-1.5607	-0.7739	1.8167	0.1311	0.2882	0.0419	0.0629	1.0042	-0.1157	0.9627	30.992	44.5316	39.2771
11	0.2676	-1.2906	0.0259	6.6712	-0.3773	3.5788	-0.6795	-0.3374	-0.6558	0.3939	0.1252	0.4395	0.3545	0.2455	0.4032	0.3659	0.1158	0.1738	0.23	0.1807	0.55	18.5582	41.4924	34.3895
12	4.4603	0.8049	5.1733	3.6361	-2.3248	9.0319	-0.0573	0.6487	0.2163	-0.4407	0.5206	0.7108	0.0824	-1.9475	-0.4591	0.5747	-0.0421	0.1039	0.687	0.127	0.3839	-3.4441	-22.4633	5.8899
13	8.8757	1.2102	6.2823	9.5927	3.6073	6.1318	0.2887	0.7484	-0.792	-0.6504	0.0343	-1.7816	0.438	0.7574	-0.323	0.5704	0.0134	0.137	0.2784	-0.0548	0.7587	7.6212	-27.6378	7.3253
14	2.1125	-2.594	2.6287	4.4191	-4.389	4.3602	-0.1909	1.1674	0.7606	-0.7395	0.1398	-1.3221	-0.6765	0.4574	0.0983	0.6293	-0.1136	0.1426	0.4014	0.0834	0.5483	8.5048	-15.4988	3.6554
15	5.6858	4.3026	1.5219	8.4232	-3.9042	5.3535	-0.0078	0.0848	0.8407	0.5796	-0.2196	-0.9044	-1.3295	0.4108	0.1767	0.8945	-0.19	0.3734	0.4829	-0.2124	1.2262	8.5642	-12.2746	14.5048
16	4.012	1.0476	2.5585	4.8083	-5.3689	9.6691	0.2976	-0.8501	-0.7159	1.2267	-0.3514	-0.7008	-0.3069	-0.3549	0.0979	0.8202	-0.1147	0.0205	0.3173	0.0915	0.4679	6.5128	-22.8485	19.2225
17	0.8599	-1.2743	-0.2207	7.6764	-0.1363	1.2936	-0.0491	-0.0922	-0.2399	0.6951	-0.0445	0.9997	0.2848	-0.5295	0.0702	0.6025	-0.1897	0.3834	0.4089	-0.1554	0.6128	-9.5802	-8.0995	13.0553
18	2.9902	-0.0596	-2.2378	2.879	-1.7134	8.7429	-0.4118	1.028	-0.1639	-0.1602	0.1785	0.049	-0.0777	-0.4274	0.2827	0.4916	-0.1433	0.0587	0.3773	-0.0387	0.3719	-6.687	10.8263	10.0433
19	0.9997	-0.692	-0.0764	3.0152	3.105	4.4679	-0.1705	0.5463	-0.357	-0.5333	-0.1716	0.2195	-0.0626	-0.5319	0.5072	0.9487	-0.3484	0.555	0.2755	-0.7573	0.6263	-5.8228	-4.5623	6.359
20	3.6651	2.4263	-1.816	8.7545	-4.6411	5.7318	-0.1428	0.0148	-0.0876	0.1821	-0.1658	-1.4634	-0.2982	0.3141	0.294	0.6006	-0.1627	0.2159	0.2429	-0.1691	0.7164	1.9536	4.895	13.3613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 22 through 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 76 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 77 through 107 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 108 through 133 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 134 through 143 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 144 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 22 through 31 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 32 through 40 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 41 through 56 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 57 through 67 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 68 through 76 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 77 through 107 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 108 through 134 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 135 through 158 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 159 through 174 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)