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万見
- PDB-4zc3: DNA binding domain of small terminase SF6 phage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zc3
タイトルDNA binding domain of small terminase SF6 phage
要素Terminase small subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Terminase, small subunit, N-terminal DNA-binding domain, HTH motif / Terminase small subunit / Terminase small subunit, N-terminal DNA-binding domain, HTH motif superfamily / Terminase small subunit / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SF6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Antson, A.A. / Chechik, M. / Jenkins, H.T. / Greive, S.J.
資金援助Reunion, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustR1448101Reunion
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: DNA recognition for virus assembly through multiple sequence-independent interactions with a helix-turn-helix motif.
著者: Greive, S.J. / Fung, H.K. / Chechik, M. / Jenkins, H.T. / Weitzel, S.E. / Aguiar, P.M. / Brentnall, A.S. / Glousieau, M. / Gladyshev, G.V. / Potts, J.R. / Antson, A.A.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6481
ポリマ－7,6481
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.545, 52.545, 54.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Terminase small subunit / G1P


分子量: 7647.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SF6 (ファージ) / 遺伝子: small terminase / プラスミド: Champion pET SUMO / 詳細 (発現宿主): pYM295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68928
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PACT premier screen (Molecular Dimensions) B2 0.1 M Malonate-Imidazole-Borate buffer 25 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→27.3 Å / Num. obs: 11127 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / Net I/σ(I): 33.67
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ACORN位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→26.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.2453 / WRfactor Rwork: 0.2158 / FOM work R set: 0.8168 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0655 / SU Rfree: 0.0637 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 499 4.5 %RANDOM
Rwork0.1987 ---
obs0.1994 10628 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.5 Å2 / Biso mean: 32.969 Å2 / Biso min: 20.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→26.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数431 0 0 25 456
Biso mean---42.01 -
残基数----57
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.019452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.958610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97231014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.03560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.80723.63622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0581581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.846155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4772.499231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4572.493230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2173.736288
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.52 47 -
Rwork0.449 777 -
all-824 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84492.43010.4453.0676-0.50561.230.0614-0.0742-0.3018-0.2144-0.0618-0.22640.09670.0320.00040.1307-0.0139-0.04360.04050.01060.0485-6.582116.29357.3195
21.41421.61270.3823.4537-1.85023.3981-0.0562-0.00660.0967-0.10540.13390.235-0.0398-0.1671-0.07770.0851-0.0251-0.08420.05470.02190.0946-13.392623.25887.9981
30.547-0.49651.11312.14470.12663.03260.0368-0.0601-0.06040.06390.00360.18430.1245-0.1522-0.04030.0257-0.0250.01260.06850.02580.0512-11.742318.974415.8508
42.05820.8768-0.28780.5996-0.8353.3659-0.023-0.0839-0.1486-0.0961-0.0206-0.0519-0.02150.0250.04370.1141-0.0123-0.01810.06820.01060.01430.800823.37746.4202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3A29 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4A47 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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