PDB-4zbq: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with Diclofenac

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zbq

タイトル

Crystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with Diclofenac

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Helical / Three-domain protein / Serum Albumin / Drugs delivery / Diclofenac

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / small molecule binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / blood microparticle / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Sekula, B. / Bujacz, A. / Bujacz, G.

資金援助

ポーランド, 3件

組織	認可番号	国
Polish Ministry of Science and Higher Education	N N405 3639 39	ポーランド
National Science Centre Poland	2013/11/B/ST5/02271	ポーランド
National Science Centre Poland	2014/12/T/ST5/00136	ポーランド

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Competitive Binding of Diclofenac and Naproxen by Equine Serum Albumin.
著者: Sekula, B. / Bujacz, A.

履歴

登録	2015年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zbq.cif.gz	244.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zbq.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zbq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zbq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4zbq_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4zbq_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zbrC 5dbyC 4ot2S 4f5t 4f5u 4j2v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ezq-d 2ydf-1 5hoz-d 5id9-d 6m5d-d 6u5a-d 6u4r-d 6rjv-2 2bxd-1 6oci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (10) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (10)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.580, 93.580, 141.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65625.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: blood / 参照: UniProt: F7BAY6, UniProt: P35747*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 232分子

#2: 化合物	ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク分子量: 296.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁Cl₂NO₂ / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#5: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#6: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 % / 解説: hexagonal prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M acetate buffer pH 4.5, cocrystallization with Diclofenac

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.071 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射	モノクロメーター: Si (111), Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 53311 / Num. obs: 53207 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.94 % / B_iso Wilson estimate: 45.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18.57
反射シェル	解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 5.08 % / R_merge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
REFMAC	5.8.0103	位相決定
XDS	VERSION July 4, 2012	データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OT2

4ot2

解像度: 1.92→40.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 8.954 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19899	1217	2.3 %	RANDOM
R_work	0.16857	-	-	-
obs	0.1693	51988	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.455 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0.67 Å²	-0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4568	0	73	225	4866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	4780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.991	6461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.466	2.999	10472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.523	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.237	24.953	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.731	15	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.199	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.265	3.59	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.257	3.586	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.34	5.367	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.342	5.368	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.589	4.179	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.573	4.177	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.686	6.061	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.856	29.976	5707
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.853	29.936	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	82	-
R_work	0.341	3851	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0582	-0.1073	0.1585	0.3074	0.349	0.5254	0.1449	-0.1582	0.0083	-0.1724	0.0349	-0.0959	-0.1148	-0.0763	-0.1798	0.1704	-0.1074	-0.0294	0.1334	0.0714	0.1418	41.0902	42.1244	70.0887
2	2.1877	-0.421	-0.3419	0.7521	0.3475	0.2171	-0.3012	-0.1184	-0.0203	-0.4409	0.2919	0.1204	-0.1815	0.1478	0.0093	0.4132	-0.1967	-0.071	0.1268	0.042	0.0417	49.6361	28.8648	56.5922
3	2.7415	0.6248	-1.3799	0.6186	0.1828	1.2494	-0.1912	-0.0237	-0.2015	-0.2204	0.1282	-0.0299	-0.1104	0.1241	0.063	0.1602	-0.0866	0.0269	0.1515	0.0068	0.1492	53.8004	21.2333	62.9231
4	0.3182	0.2365	0.1853	0.2462	0.092	0.6108	-0.0301	-0.0237	0.1073	0.0754	-0.0532	0.0931	0.016	0.0565	0.0833	0.1841	-0.0263	-0.0522	0.0916	0.0063	0.166	40.606	19.3917	83.7973
5	0.5579	0.2148	0.7633	1.9443	-0.5048	1.5261	-0.0589	0.0653	0.0159	-0.0056	0.0327	-0.1013	-0.083	0.2588	0.0261	0.0555	-0.0399	-0.0571	0.2469	-0.0056	0.1251	54.9934	20.3696	83.2231
6	2.7859	0.3226	-0.1464	0.131	-0.1736	0.2748	0.1052	-0.1755	0.1181	0.0882	-0.116	-0.0017	-0.1017	0.1668	0.0108	0.2397	-0.0246	-0.0281	0.1128	-0.009	0.1065	36.3215	5.088	96.9742
7	1.2768	0.0275	-0.2987	0.0063	-0.1042	2.0093	0.0408	0.0054	0.0042	-0.0068	0.0122	-0.0054	0.0003	-0.2219	-0.053	0.1558	-0.0173	-0.0085	0.1197	0.0071	0.1625	29.7989	2.6757	89.0208
8	1.0396	-0.1665	-2.1286	0.0744	0.1027	5.6764	-0.0628	0.0582	-0.1038	0.015	-0.0455	0.027	0.0992	-0.0541	0.1084	0.1559	-0.0099	0.0126	0.1022	-0.0046	0.1492	35.1527	-5.1789	77.1565
9	1.8645	-0.6667	0.5297	0.6536	-0.0705	0.4677	0.0796	-0.1187	0.0499	-0.0853	-0.0054	0.0266	0.1297	0.0105	-0.0742	0.156	0.0071	0.0042	0.1117	-0.0033	0.1566	32.3117	3.1931	56.8728
10	0.4172	-0.3341	0.2637	0.4243	0.0489	0.6192	0.0219	0.0181	0.0221	-0.0127	0.0037	-0.0036	0.0705	0.06	-0.0256	0.1414	-0.0105	-0.027	0.1238	0.0125	0.1774	37.8219	8.8487	64.6507
11	1.6595	0.0959	0.497	0.1102	0.0399	0.9253	0.074	-0.045	0.1111	0.0522	-0.1367	-0.0118	0.1587	-0.2081	0.0627	0.1343	-0.0521	-0.0208	0.1937	-0.0123	0.1478	23.3515	7.2724	67.0065
12	1.3821	0.512	-0.7984	0.2489	-0.3795	1.4796	0.1285	-0.0778	-0.0794	-0.0551	-0.0611	-0.0112	-0.0471	-0.0115	-0.0674	0.2228	0.0383	0.0035	0.0677	-0.0195	0.1456	32.491	7.2168	44.0752
13	1.7637	0.788	-1.0714	0.4165	-0.3715	1.832	0.0995	0.0043	-0.0744	-0.0441	-0.0242	-0.0513	0.1901	0.0259	-0.0754	0.2804	0.0663	0.0043	0.0293	-0.0145	0.1226	34.389	-0.7372	38.273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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