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- PDB-4zbd: Crystal structure of the glutathione transferase URE2P6 from Phan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbd
タイトルCrystal structure of the glutathione transferase URE2P6 from Phanerochaete chrysosporium in complex with glutathione reduced by X-ray irradiation at 100K
要素PcUre2p6
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE / GST FOLD / OXYDIZED GLUTATHIONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / PcUre2p6
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Roret, T. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: Fungal Genet. Biol. / 年: 2015
タイトル: Evolutionary divergence of Ure2pA glutathione transferases in wood degrading fungi.
著者: Roret, T. / Thuillier, A. / Favier, F. / Gelhaye, E. / Didierjean, C. / Morel-Rouhier, M.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PcUre2p6
B: PcUre2p6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3656
ポリマ－51,1362
非ポリマー1,2294
水12,574698
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.455, 50.096, 97.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

21B-747-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PcUre2p6


分子量: 25567.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4I981*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 278 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 30 % PEG4000, 10mM TRIS pH8.5, 0.2M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→48.3 Å / Num. obs: 198807 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZB8

4zb8


解像度: 1.12→26.646 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1441 8324 5.03 %
Rwork0.1171 --
obs0.1184 165517 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→26.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3582 0 80 698 4360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0591395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12-1.13270.11933060.10345043X-RAY DIFFRACTION94
1.1327-1.14610.13122810.0994980X-RAY DIFFRACTION94
1.1461-1.160.13012940.09995099X-RAY DIFFRACTION94
1.16-1.17470.14182520.10175128X-RAY DIFFRACTION94
1.1747-1.19020.11632730.10215018X-RAY DIFFRACTION94
1.1902-1.20650.11782390.10045167X-RAY DIFFRACTION94
1.2065-1.22370.14012700.10295101X-RAY DIFFRACTION95
1.2237-1.2420.13352900.10365089X-RAY DIFFRACTION95
1.242-1.26140.13722820.10335203X-RAY DIFFRACTION95
1.2614-1.28210.1352570.10115113X-RAY DIFFRACTION95
1.2821-1.30420.13592690.10095200X-RAY DIFFRACTION96
1.3042-1.32790.13222800.10145174X-RAY DIFFRACTION96
1.3279-1.35340.14592840.10165193X-RAY DIFFRACTION96
1.3534-1.38110.13222860.10535175X-RAY DIFFRACTION96
1.3811-1.41110.13772730.10275246X-RAY DIFFRACTION97
1.4111-1.44390.14222750.10275230X-RAY DIFFRACTION97
1.4439-1.480.1232600.10035298X-RAY DIFFRACTION97
1.48-1.520.13132870.09915295X-RAY DIFFRACTION97
1.52-1.56470.14883080.10165261X-RAY DIFFRACTION98
1.5647-1.61520.12752920.09935282X-RAY DIFFRACTION98
1.6152-1.6730.12772600.10465311X-RAY DIFFRACTION98
1.673-1.73990.12842690.1045318X-RAY DIFFRACTION98
1.7399-1.81910.12522900.11095313X-RAY DIFFRACTION98
1.8191-1.9150.14262800.1135366X-RAY DIFFRACTION99
1.915-2.03490.12552590.11675387X-RAY DIFFRACTION99
2.0349-2.1920.14952780.11895388X-RAY DIFFRACTION99
2.192-2.41240.13733240.11985371X-RAY DIFFRACTION99
2.4124-2.76120.15282420.13295457X-RAY DIFFRACTION99
2.7612-3.47760.18092760.14265448X-RAY DIFFRACTION99
3.4776-26.65310.1742880.14835539X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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