PDB-4zb6: Crystal structure of glutathione transferase URE2P4 from Phaneroc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zb6

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase URE2P4 from Phanerochaete chrysosporium in complex with oxidized glutathione.

要素

PcUre2p4

キーワード

TRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE / GST FOLD / OXYDIZED GLUTATHIONE

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Phanerochaete chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Roret, T. / Didierjean, C.

引用

ジャーナル: Fungal Genet. Biol. / 年: 2015
タイトル: Evolutionary divergence of Ure2pA glutathione transferases in wood degrading fungi.
著者: Roret, T. / Thuillier, A. / Favier, F. / Gelhaye, E. / Didierjean, C. / Morel-Rouhier, M.

履歴

登録	2015年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zb6.cif.gz	382.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zb6.ent.gz	313.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zb6_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zb6_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4zb6_validation.xml.gz	45.2 KB	表示
CIF形式データ	4zb6_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/4zb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f0cC 4zb7C 4zb8SC 4zb9C 4zbaC 4zbbC 4zbdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ee2-d 4ivf-1 4yh2-2 4pnf-2 7d6b-1 4ivf-4 3g7j-d 4ivf-3 4f4f-2 3f63-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: PcUre2p4

B: PcUre2p4

C: PcUre2p4

D: PcUre2p4

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PcUre2p4

B: PcUre2p4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PcUre2p4

D: PcUre2p4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.437, 94.059, 104.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PcUre2p4 分子量: 25647.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4I980*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン分子量: 612.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₆O₁₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 30 % PEG4000, 0.1M Sodium Acetate pH4.6, 0.2M Ammonium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47 Å / Num. obs: 84906 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 12133 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZB8

4zb8

解像度: 1.801→47 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	4235	4.99 %
R_work	0.1634	-	-
obs	0.1647	84797	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.862 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3233 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.7094 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.5378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7146	0	164	1123	8433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	10221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.377	2723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1315

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8006-1.8211	0.2672	133	0.2636	2528	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8211-1.8425	0.2718	132	0.2351	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8425-1.865	0.2671	152	0.2318	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.8886	0.2733	129	0.235	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8886-1.9135	0.2794	124	0.1879	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9135-1.9397	0.2241	139	0.1907	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9397-1.9674	0.249	135	0.1913	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9674-1.9968	0.2115	136	0.1804	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9968-2.028	0.2111	140	0.1686	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.028-2.0612	0.1839	149	0.1728	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0612-2.0967	0.1995	130	0.1691	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0967-2.1349	0.1906	131	0.1696	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1349-2.1759	0.2129	121	0.1608	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1759-2.2203	0.1767	152	0.1587	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2203-2.2686	0.2081	137	0.1598	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2686-2.3214	0.1665	133	0.1526	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3214-2.3795	0.1769	159	0.1443	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3795-2.4438	0.1828	128	0.1514	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4438-2.5157	0.1886	132	0.1565	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5157-2.5969	0.2027	178	0.1621	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5969-2.6897	0.1948	144	0.159	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6897-2.7974	0.187	166	0.1577	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7974-2.9247	0.1991	159	0.1637	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9247-3.0788	0.1893	146	0.163	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0788-3.2717	0.1865	166	0.1557	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2717-3.5242	0.181	124	0.1492	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5242-3.8787	0.1615	117	0.1404	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8787-4.4396	0.144	156	0.134	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4396-5.592	0.165	146	0.1482	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
5.592-47.0455	0.1714	141	0.1836	2897	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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