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- PDB-4zav: UbiX in complex with a covalent adduct between dimethylallyl mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zav
タイトルUbiX in complex with a covalent adduct between dimethylallyl monophosphate and reduced FMN
要素UbiX
キーワードLYASE / prenyl transferase / UbiX / FMN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LS / PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者White, M.D. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: UbiX is a flavin prenyltransferase required for bacterial ubiquinone biosynthesis.
著者: White, M.D. / Payne, K.A. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Parker, D. / Rattray, N.J. / Trivedi, D.K. / Goodacre, R. / Rigby, S.E. / Scrutton, N.S. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2628
ポリマ－22,3851
非ポリマー8777
水3,495194
1
A: UbiX
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,13896
ポリマ－268,61712
非ポリマー10,52184
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area76300 Å2
ΔGint-542 kcal/mol
Surface area68700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.180, 142.180, 142.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

21A-539-

HOH

31A-550-

HOH

41A-555-

HOH

51A-572-

HOH

61A-592-

HOH

71A-593-

HOH

81A-594-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UbiX


分子量: 22384.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA4019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HX08, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

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非ポリマー , 5種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-4LS / 1-deoxy-1-[7,8-dimethyl-5-(3-methylbut-2-en-1-yl)-2,4-dioxo-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-5-O-phosphono -D-ribitol / dimethylallyl FMN


分子量: 526.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H31N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG 3350, 150mM sodium thiocyanate, and 100mM Tris pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50.27 Å / Num. obs: 44084 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→50.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.409 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.129 2399 5.2 %RANDOM
Rwork0.09769 ---
obs0.09927 44084 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→50.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 54 194 1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.021718
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9832.0012350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0673.0063804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1375225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.2242465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.48415272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0121512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4890.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2821.503880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2871.506881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7452.2411109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7442.2441110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1961.869837
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1861.861832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8952.6671238
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.55714.1722042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.55714.1842043
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.48733372
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.389547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.84653483
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 182 -
Rwork0.181 3285 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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