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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zan | ||||||
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タイトル | Structure of UbiX Y169F in complex with oxidised FMN and dimethylallyl monophosphate | ||||||
![]() | UbiX | ||||||
![]() | LYASE / prenyl transferase / flavin binding / UbiX | ||||||
機能・相同性 | ![]() flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | White, M.D. / Leys, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: UbiX is a flavin prenyltransferase required for bacterial ubiquinone biosynthesis. 著者: White, M.D. / Payne, K.A. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Parker, D. / Rattray, N.J. / Trivedi, D.K. / Goodacre, R. / Rigby, S.E. / Scrutton, N.S. / Hay, S. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 799.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 803.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22368.740 Da / 分子数: 1 / 変異: Y169F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HX08, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 |
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-非ポリマー , 5種, 121分子 ![](data/chem/img/4LR.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-4LR / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12% PEG 3350, 150mM sodium thiocyanate and 100mM Tris pH 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→70.86 Å / Num. obs: 22355 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.668 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.76→70.86 Å
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拘束条件 |
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