PDB-4z9q: Crystal structure of OXA-58 with disordered active site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z9q

タイトル

Crystal structure of OXA-58 with disordered active site

要素

Beta-lactamase OXA-58

キーワード

HYDROLASE / OXA-58 / Beta lactamase / Disordered / BALBES NMR

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii ACICU (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Pratap, S. / Gill, P.K. / Golemi-Kotra, D. / Kumar, P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of OXA-58 with disordered active site
著者: Pratap, S. / Gill, P.K. / Golemi-Kotra, D. / Kumar, P.

履歴

登録	2015年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z9q.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z9q.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z9q_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z9q_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	4z9q_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4z9q_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7cc9-1 6bsl-1 4z8b-d 4xud-d 5pa0-d 3sh3-d 1g3r-d 3svj-d 6ycc-2 1jwz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-58

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.360, 39.790, 72.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-58 分子量: 31498.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ACICU (バクテリア) 株: ACICU / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B2I3T3, UniProt: A0A182DW26*PLUS, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7008 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.6791 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→37.38 Å / Num. obs: 10289 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 16.39
反射シェル	解像度: 2.235→2.314 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.84 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
SCALA		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.23→37.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 16.609 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25259	500	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19218	-	-	-
obs	0.1951	9789	98.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.33 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.23→37.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	0	62	1851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.953	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.606	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.027	24.828	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.068	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.579	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.392	1.914	893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.392	1.913	892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.743	2.865	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.743	2.867	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.172	1.936	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.172	1.937	934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.377	2.895	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.768	15.312	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.755	15.283	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.235→2.292 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.453	32	-
R_work	0.321	653	-
obs	-	-	91.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.483 Å / Origin y: 2.474 Å / Origin z: 16.124 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0101 Å²	0.0051 Å²	0.0044 Å²	-	0.1073 Å²	0.0259 Å²	-	-	0.0293 Å²
L	2.9076 °²	0.7625 °²	0.7099 °²	-	2.0299 °²	0.8179 °²	-	-	3.1966 °²
S	0.0245 Å °	-0.301 Å °	-0.0166 Å °	0.001 Å °	0.0216 Å °	-0.0979 Å °	-0.1492 Å °	0.0012 Å °	-0.0461 Å °

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