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- PDB-4z9p: Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9p
タイトルCrystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8A resolution
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola / Filoviridae / nucleoprotein / RNA binding protein
機能・相同性Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Guo, Y. / Dong, S.S. / Yang, P. / Li, G.B. / Liu, B.C. / Yang, C. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31300606 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Insight into the Ebola virus nucleocapsid assembly mechanism: crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8 A resolution.
著者: Dong, S. / Yang, P. / Li, G. / Liu, B. / Wang, W. / Liu, X. / Xia, B. / Yang, C. / Lou, Z. / Guo, Y. / Rao, Z.
履歴
登録2015年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Data collection
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1281
ポリマ－35,1281
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.845, 162.877, 31.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 35128.465 Da / 分子数: 1 / 断片: core domain (UNP RESIDUES 36-351) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18272
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 200mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97848 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.792→50 Å / Num. obs: 29588 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 2.425 / Net I/av σ(I): 35.444 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 312835
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.83100.54614770.90.1790.5750.48499.9
1.83-1.86110.46814200.9380.1450.4910.51299.8
1.86-1.910.90.44514270.950.1390.4670.53399.9
1.9-1.9410.70.50814690.9210.1630.5351.266100
1.94-1.9810.80.32314610.9680.1020.3390.58899.9
1.98-2.0310.70.24714300.9780.0780.2590.63999.9
2.03-2.0810.50.20514850.9840.0660.2150.76100
2.08-2.1310.30.17514490.9860.0570.1850.8399.7
2.13-2.29.80.16314420.9870.0540.1721.04999.9
2.2-2.2710.40.19414830.9720.0630.2041.60899.9
2.27-2.3511.20.14414430.990.0450.1511.166100
2.35-2.4410.90.11514800.9930.0360.1211.22199.9
2.44-2.5511.10.10914620.9810.0340.1141.67999.9
2.55-2.6910.60.114870.9940.0320.1051.86499.9
2.69-2.869.90.09415030.9920.0310.12.699.8
2.86-3.0811.40.08714800.9950.0270.0912.459100
3.08-3.3911.10.07814940.9910.0250.0823.27499.9
3.39-3.88100.06614940.9970.0220.073.91198.5
3.88-4.8810.20.05415380.9950.0180.0574.80799.8
4.88-509.90.06416640.9890.0220.06816.42199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.792→40.719 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1472 4.99 %
Rwork0.1906 28020 -
obs0.1923 29492 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.1 Å2 / Biso mean: 39.5676 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.792→40.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 0 211 2512
Biso mean---45.79 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9783154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.232858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7922-1.85010.31191310.23252346247793
1.8501-1.91620.30991410.262524962637100
1.9162-1.99290.28371360.250325242660100
1.9929-2.08360.24051130.192825512664100
2.0836-2.19350.23591530.185124922645100
2.1935-2.33090.25141160.211225582674100
2.3309-2.51080.23551440.185125402684100
2.5108-2.76350.22921260.190225722698100
2.7635-3.16320.23021290.202726102739100
3.1632-3.98480.22391240.17342610273499
3.9848-40.72970.19011590.17582721288099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9015 Å / Origin y: 21.3565 Å / Origin z: 4.2416 Å
111213212223313233
T0.1795 Å2-0.0012 Å2-0.0193 Å2-0.1913 Å2-0.0138 Å2--0.1251 Å2
L2.7176 °20.6181 °2-0.1114 °2-1.9488 °2-0.1555 °2--0.6978 °2
S-0.0369 Å °0.1342 Å °-0.2547 Å °-0.1271 Å °-0.0017 Å °0.0217 Å °0.0431 Å °0.0462 Å °0.018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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