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- PDB-4z8x: Truncated FtsH from A. aeolicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8x
タイトルTruncated FtsH from A. aeolicus
要素ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
キーワードHYDROLASE / FtsH / metalloprotease / ATP / intracellular protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M41 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...Peptidase M41 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Vostrukhina, M. / Baumann, U. / Schacherl, M. / Bieniossek, C. / Lanz, M. / Baumgartner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of Aquifex aeolicus FtsH in the ADP-bound state reveals a C2-symmetric hexamer.
著者: Vostrukhina, M. / Popov, A. / Brunstein, E. / Lanz, M.A. / Baumgartner, R. / Bieniossek, C. / Schacherl, M. / Baumann, U.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,54411
ポリマ－166,2063
非ポリマー1,3398
水543
1
A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
ヘテロ分子

A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,08922
ポリマ－332,4116
非ポリマー2,67816
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area22130 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area117700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.860, 188.480, 206.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量: 55401.848 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 142-634 / 変異: I250M, F360L, K552R, E627G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
遺伝子: ftsH, aq_936 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O67077, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2 M ammonium sulphate, 2 mM EDTA, pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→65 Å / Num. obs: 39332 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 128.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DI4, 2CE7

2di4

2ce7


解像度: 3.25→64.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9158 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.403
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 2005 5.1 %Sphere
Rwork0.2261 ---
obs0.2275 39311 99.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 221.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3141 Å20 Å20 Å2
2--24.3067 Å20 Å2
3----24.6208 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.469 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→64.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10035 0 72 3 10110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110249HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1113790HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4969SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes279HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1456HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10249HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1359SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle18HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12012SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 156 5.59 %
Rwork0.2383 2633 -
all0.2385 2789 -
obs--96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.64670.07940.079112.5568-1.44142.21360.0211-0.2422-0.1684-0.1890.14290.52710.3994-0.1562-0.1640.1653-0.0390.09060.02640.18030.5876-22.2539-25.8938-54.9587
211.6834-3.2020.62035.7317-0.61381.82330.0641-0.0591-0.73520.1383-0.1236-0.00990.26240.18810.0595-0.12210.0483-0.0972-0.31690.17710.32411.1338-32.3615-54.783
38.27574.4879-0.78249.5746-0.39924.1292-0.134-0.08570.09630.19020.33521.0885-0.1588-0.8032-0.2012-0.29760.10310.2149-0.22340.06110.5819-33.68626.2644-54.3155
410.3574-5.78681.195516.63093.799216.6309-0.10320.51730.3784-0.45170.0728-0.25770.0866-0.28480.03050.55650.292-0.0780.53030.22320.5621-24.3735-26.7456-91.8068
516.6309-5.7513-0.04787.19412.914216.6309-0.03650.18750.5043-0.6452-0.02840.09740.1202-0.07520.06490.3128-0.0233-0.14540.60790.1880.501810.9763-34.4527-91.6302
611.70455.82085.393112.5377-1.449816.58320.02650.4928-0.1864-0.2618-0.2356-0.3174-0.1507-0.26590.20910.6079-0.29950.18080.45290.04250.4306-35.82957.9788-91.5594
74.5358-0.97682.28869.3058-0.94349.0342-0.03450.1715-0.4586-0.1921-0.0004-0.13730.1710.23590.03490.48590.28240.17030.1604-0.27930.2876-12.3807-53.0194-79.2038
88.5376-3.57330.33734.59720.28878.3999-0.00390.2346-0.1322-0.36060.0125-0.52620.00570.2519-0.00860.0990.25950.28060.4913-0.02820.258639.621-37.5792-78.7107
98.63131.9085-1.80098.3384-3.29228.6849-0.02010.1518-0.2592-0.05510.00940.16370.4033-0.19970.01070.36-0.2229-0.26860.3074-0.03540.3618-53.0511-15.0068-78.6465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|405 - A|608 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|405 - B|608 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|405 - C|606 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|142 - A|322 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|142 - B|322 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|142 - C|322 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|323 - A|398 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|323 - B|398 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|323 - C|398 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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