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万見
- PDB-4z8i: Crystal structure of Branchiostoma belcheri tsingtauense peptidog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8i
タイトルCrystal structure of Branchiostoma belcheri tsingtauense peptidoglycan recognition protein 3
要素peptidoglycan recognition protein 3
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan recognition protein / chitin-binding domain / amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / immune system process / chitin binding / peptidoglycan catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ...Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan recognition protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma belcheri tsingtauense (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Wang, W.J. / Cheng, W. / Jiang, Y.L. / Luo, M. / Cao, D.D. / Chi, C.B. / Yang, H.B. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2013CB835300 中国
Ministry of Science and Technology of China2014CB910100 中国
Hefei Science Center of CAS2015SRG-HSC045 中国
Hefei Science Center of CAS2015SRG-HSC046 中国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Activity Augmentation of Amphioxus Peptidoglycan Recognition Protein BbtPGRP3 via Fusion with a Chitin Binding Domain
著者: Wang, W.J. / Cheng, W. / Luo, M. / Yan, Q. / Yu, H.M. / Li, Q. / Cao, D.D. / Huang, S. / Xu, A. / Mariuzza, R.A. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidoglycan recognition protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5162
ポリマ－25,4501
非ポリマー651
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.206, 77.206, 82.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 peptidoglycan recognition protein 3 / BbtPGRP3


分子量: 25450.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma belcheri tsingtauense (ナメクジウオ)
プラスミド: pAcGP67 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0R4I979*PLUS, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15022 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
REFMAC5.5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OHT

1oht


解像度: 2.701→38.603 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 758 5.05 %Random selection
Rwork0.1717 ---
obs0.1732 14999 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→38.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1691 0 1 74 1766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.109610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7005-2.9090.26171450.20952862X-RAY DIFFRACTION99
2.909-3.20160.23691550.19042855X-RAY DIFFRACTION99
3.2016-3.66460.2131380.1612865X-RAY DIFFRACTION99
3.6646-4.61580.15561620.14252825X-RAY DIFFRACTION99
4.6158-38.60690.20241580.18562834X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.8329 Å / Origin y: 11.8014 Å / Origin z: 19.6129 Å
111213212223313233
T0.2498 Å20.0128 Å20.0156 Å2-0.2641 Å2-0.0305 Å2--0.2594 Å2
L0.5592 °20.2768 °20.0178 °2-1.4249 °2-0.9157 °2--1.9759 °2
S0.0362 Å °0.0167 Å °-0.1095 Å °0.0024 Å °-0.0856 Å °-0.0603 Å °0.207 Å °0.1685 Å °0.0512 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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