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- PDB-4z8e: TEAD DBD mutant -deltaL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8e
タイトルTEAD DBD mutant -deltaL1
要素Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA binding / three helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly ...TEAD-YAP complex / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / embryonic organ development / positive regulation of miRNA transcription / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional enhancer factor TEF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Lee, D.-S. / Albarado, D.C. / Vonrhein, C. / Raman, C.S. / Veeraraghavan, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM084700 米国
American Heart Association0365134Y 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Potential Structural Switch for Regulating DNA-Binding by TEAD Transcription Factors.
著者: Lee, D.S. / Vonrhein, C. / Albarado, D. / Raman, C.S. / Veeraraghavan, S.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5323
ポリマ－24,5323
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1771
ポリマ－8,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1771
ポリマ－8,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1771
ポリマ－8,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0646
ポリマ－49,0646
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area14490 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.590, 96.547, 84.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 8177.369 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 28-104 / 変異: A48S, deletion of P52-E63 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P28347
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 % / 解説: Plate form
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7-10 mg/mL protein, ammonium sulfate, MES/Tris-HCl, dioxane/PEG5000 MME
PH範囲: 6.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.092→48.273 Å / Num. all: 13625 / Num. obs: 13625 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.42 % / Biso Wilson estimate: 39.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 26.327
反射 シェル解像度: 2.092→2.128 Å / 冗長度: 7.63 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 96.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.092→17.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9223 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9247 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 963 7.08 %RANDOM
Rwork0.2237 ---
obs0.2246 13598 98.07 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4236 Å20 Å20 Å2
2---10.009 Å20 Å2
3---11.4326 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.307 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.092→17.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 0 68 1420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.981871HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d477SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes206HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1381HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion187SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1638SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.26 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 198 7.26 %
Rwork0.2282 2530 -
all0.2293 2728 -
obs--98.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15120.0335-1.67770.21560.4733.64030.2219-0.1010.0664-0.0160.0014-0.0347-0.29010.1671-0.2234-0.1202-0.00240.0364-0.0464-0.0178-0.094631.697734.011262.2549
21.6498-1.06752.70120.8442-1.74074.44290.2703-0.0112-0.1578-0.1519-0.04220.08530.4488-0.227-0.2281-0.0893-0.0352-0.036-0.0786-0.0096-0.112922.650717.205965.4182
31.46451.04641.88680.19670.80873.2517-0.08920.2992-0.0519-0.06350.131-0.0107-0.07460.7094-0.0418-0.1580.0254-0.0136-0.02870.0255-0.122537.250324.239861.8141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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