[日本語] English
万見
- PDB-4z85: Crystal structur of Pseudomonas fluorescens 2-nitrobenzoate 2-nit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z85
タイトルCrystal structur of Pseudomonas fluorescens 2-nitrobenzoate 2-nitroreductase NbaA
要素2-nitrobenzoate nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-nitrobenzoate 2-nitroreductase (NbaA) / 2-nitrobenzoate methyl ester / FMN-binding site / tyrosine modification / cysteine reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrobenzoate nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ha, N.C. / Jiao, L. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the Pseudomonas fluorescens 2-Nitrobenzoate 2-Nitroreductase NbaA
著者: Kim, Y.H. / Song, W. / Kim, J.S. / Jiao, L. / Lee, K. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-nitrobenzoate nitroreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4381
ポリマ－24,4381
非ポリマー00
水2,000111
1
A: 2-nitrobenzoate nitroreductase

A: 2-nitrobenzoate nitroreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8762
ポリマ－48,8762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.508, 70.508, 80.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 2-nitrobenzoate nitroreductase


分子量: 24437.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nbaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4UVY1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 1 mM FMN, 1 mM MnCl2, 30% v/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97188 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 24944 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 21.6 % / Net I/σ(I): 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EJE

1eje


解像度: 1.7→19.095 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 1264 5.08 %
Rwork0.1876 --
obs0.189 24861 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1555 0 0 111 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0972166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.949594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044247
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.76810.26661300.22422622X-RAY DIFFRACTION100
1.7681-1.84850.30371510.22452615X-RAY DIFFRACTION100
1.8485-1.94580.26561230.22272623X-RAY DIFFRACTION100
1.9458-2.06760.24671290.21162630X-RAY DIFFRACTION100
2.0676-2.2270.23981540.20882614X-RAY DIFFRACTION100
2.227-2.45070.21271570.19832610X-RAY DIFFRACTION100
2.4507-2.80440.24641500.20092620X-RAY DIFFRACTION100
2.8044-3.52960.21421350.18592654X-RAY DIFFRACTION100
3.5296-19.0960.17261350.15882609X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る