PDB-4z7y: diphosphomevalonate decarboxylase from the Sulfolobus solfataricu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z7y

タイトル

diphosphomevalonate decarboxylase from the Sulfolobus solfataricus, space group P21

要素

Diphosphomevalonate decarboxylase

キーワード

LYASE / diphosphomevalonate decarboxylase / intersubunit disulfide bond / thermostability / Sulfolobus solfataricus

機能・相同性

機能・相同性情報

diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hattori, A. / Unno, H. / Hemmi, H.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: In Vivo Formation of the Protein Disulfide Bond That Enhances the Thermostability of Diphosphomevalonate Decarboxylase, an Intracellular Enzyme from the Hyperthermophilic Archaeon Sulfolobus solfataricus
著者: Hattori, A. / Unno, H. / Goda, S. / Motoyama, K. / Yoshimura, T. / Hemmi, H.

履歴

登録	2015年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z7y.cif.gz	384.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z7y.ent.gz	318.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z7cC 2hk2S 4z7d PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qzx-d 6e63-2 3zno-d 4qfc-d 5d72-1 3cuk-3 3cuk-4 6n0x-3 5wwv-3 1uur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

222 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.900, 154.390, 109.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 324 / Label seq-ID: 1 - 323

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.163224, 0.861768, 0.480327), (0.845341, -0.373183, 0.382275), (0.508682, 0.343644, -0.7894)	26.04253, -41.28671, 10.72718
3	given	(-0.99678, -0.076062, -0.025375), (-0.076629, 0.996813, 0.022167), (0.023609, 0.02404, -0.999432)	116.73376, 6.86857, 47.54196
4	given	(-0.225232, 0.840648, -0.492525), (-0.828011, -0.431574, -0.357967), (-0.513486, 0.327191, 0.793271)	75.01163, 72.69562, 31.74451
5	given	(-0.325864, -0.748648, -0.577356), (0.755119, -0.573559, 0.31753), (-0.568866, -0.332501, 0.75222)	99.00989, -35.49671, 44.02275
6	given	(0.304272, -0.788955, 0.533825), (-0.779977, -0.528053, -0.33585), (0.546859, -0.314182, -0.776038)	34.51093, 72.52302, 13.76795

#1: タンパク質	Diphosphomevalonate decarboxylase / DMD 分子量: 36948.352 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-325 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97UL5, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.5M ammonium sulfate / PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 78276 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 16.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HK2

2hk2

解像度: 2.7→47.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 13.227 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.815 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27663	3879	5 %	RANDOM
R_work	0.25424	-	-	-
obs	0.25535	74370	98.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→47.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15582	0	30	81	15693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	15897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.966	21396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.843	5	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.396	23.95	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.234	15	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.273	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.959	5.951	7770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.427	8.916	9702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.582	6.245	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.685	52.208	40470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2587 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
A	14.43
B	13.29
C	11.75
D	9.6
E	13.31
F	12.94

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	262	-
R_work	0.315	5464	-
obs	-	-	98.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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