PDB-4z72: Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z72

タイトル

Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis in complex with two phosphate ions

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / PYROPHOSPHATASE / PHOSPHATASE / INORGANIC PYROPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / host cell surface / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.352 Å

データ登録者

Pratt, A.C. / Biswas, T. / Barnard-Britson, S. / Tsodikov, O.V.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and computational dissection of the catalytic mechanism of the inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Pratt, A.C. / Dewage, S.W. / Pang, A.H. / Biswas, T. / Barnard-Britson, S. / Cisneros, G.A. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2015年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z72.cif.gz	49.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z72.ent.gz	33.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/4z72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z70C 4z71SC 4z73C 4z74C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z73-2 4ecp-1 4z74-2 5kde-1 4z74-1 2uxs-1 1wcf-1 5kdf-1 3emj-2 4z73-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_535	-y,x-y-2,z	1
crystal symmetry operation	3_755	-x+y+2,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_557	-y,-x,-z+5/2	1
crystal symmetry operation	11_757	-x+y+2,y,-z+5/2	1
crystal symmetry operation	12_537	x,x-y-2,-z+5/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.319, 99.319, 96.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-320- HOH
2	1	A-325- HOH

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase 分子量: 19454.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppa, Rv3628, MTCY15C10.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WI55, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: reservoir: 1.6 M KH2PO4, 100 mM HEPES pH 7.75 and 2 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 11538 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 18.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z71

4z71

解像度: 2.352→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.556 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24094	606	5 %	RANDOM
R_work	0.20806	-	-	-
obs	0.20965	11538	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0.26 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.352→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1278	0	13	30	1321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.966	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.728	3	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.898	5	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.683	23.913	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.014	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.223	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.038	3.866	647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.654	3.842	640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.607	5.758	797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.606	5.764	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.097	4.068	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.088	4.055	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.359	5.978	989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.383	30.905	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.196	30.766	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	50	-
R_work	0.298	809	-
obs	-	-	99.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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