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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z6v | |||||||||
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タイトル | Structure of H200Q variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with 4-nitrocatechol at 1.37 Ang resolution | |||||||||
![]() | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. 著者: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 667.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 549.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4z6lC ![]() 4z6mC ![]() 4z6nC ![]() 4z6oC ![]() 4z6pC ![]() 4z6qC ![]() 4z6rC ![]() 4z6sC ![]() 4z6tC ![]() 4z6uC ![]() 4z6wC ![]() 4z6zC ![]() 3ojtS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41745.305 Da / 分子数: 4 / 変異: H200Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1954分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/4NC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/4NC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-P6G / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | ChemComp-4NC / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14% PEG6000, 0.1M calcium chloride, 0.1M Tris-HCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.37→45.691 Å / Num. all: 325847 / Num. obs: 325847 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 10.779 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 1340516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OJT 解像度: 1.37→40.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.1415 / WRfactor Rwork: 0.1067 / FOM work R set: 0.9016 / SU B: 2.023 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0455 / SU Rfree: 0.0465 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.5 Å2 / Biso mean: 16.321 Å2 / Biso min: 6.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.37→40.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
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