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- PDB-4z6u: Structure of H200E variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z6u
タイトルStructure of H200E variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with 4-nitrocatechol at 1.48 Ang resolution
要素Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain ...homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROCATECHOL / : / Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium fuscum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/H001905/1 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 24689 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200.
著者: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2015年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
B: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
C: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
D: Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,95719
ポリマ－166,9854
非ポリマー1,97215
水29,2201622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18100 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.268, 150.875, 95.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-552-

HOH

21D-913-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase


分子量: 41746.289 Da / 分子数: 4 / 変異: H200E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア)
プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm109 / 参照: UniProt: Q45135

-
非ポリマー , 6種, 1637分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 14% PEG6000, 0.1M calcium acetate, 0.1M MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→45.7 Å / Num. all: 262655 / Num. obs: 262655 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 10.703 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 1177706
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.48-1.564.40.8350.9169240381670.4250.835299.4
1.56-1.654.50.5371.5162943362330.2710.537399.6
1.65-1.774.50.3462.3153027340490.1750.3464.599.5
1.77-1.914.50.2073.8142423317590.1050.2077.199.5
1.91-2.094.50.1186.6131263291850.060.11811.999.3
2.09-2.344.50.07310.5119199264790.0370.07318.299.3
2.34-2.74.50.05114.6105799234120.0260.05124.299.2
2.7-3.314.50.0352088779197740.0180.03534.598.8
3.31-4.684.50.02427.768148152370.0120.02450.197.9
4.68-45.7064.40.02129.63688583600.0110.02151.695.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OJT

3ojt


解像度: 1.48→45.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.1485 / WRfactor Rwork: 0.108 / FOM work R set: 0.8906 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0576 / SU Rfree: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1621 13081 5 %RANDOM
Rwork0.1174 ---
obs0.1196 249494 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.86 Å2 / Biso mean: 20.301 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11510 0 115 1623 13248
Biso mean--29.85 32.68 -
残基数----1425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01912201
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.94716584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.828325598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02114148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2581.7675856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2581.7665855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.542.6557369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.296323326
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.0015441
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.921524192
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 964 -
Rwork0.232 18315 -
all-19279 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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