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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z6r | |||||||||
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タイトル | Structure of H200E variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with 4-sulfonyl catechol at 1.70 Ang resolution | |||||||||
要素 | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Brevibacterium fuscum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. 著者: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z6r.cif.gz | 601.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z6r.ent.gz | 494.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z6r_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z6r_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4z6r_validation.xml.gz | 63.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z6r_validation.cif.gz | 94.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4z6lC 4z6mC 4z6nC 4z6oC 4z6pC 4z6qC 4z6sC 4z6tC 4z6uC 4z6vC 4z6wC 4z6zC 3ojtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41746.289 Da / 分子数: 4 / 変異: H200E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア) プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm109 / 参照: UniProt: Q45135 |
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-非ポリマー , 8種, 1283分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-P6G / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-4SX / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 14% PEG6000, 0.1M calcium acetate, 0.1M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→29.605 Å / Num. all: 145565 / Num. obs: 145565 / % possible obs: 83.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 8.379 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 704029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3OJT 解像度: 1.7→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1544 / WRfactor Rwork: 0.1236 / FOM work R set: 0.8765 / SU B: 4.199 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1017 / SU Rfree: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.95 Å2 / Biso mean: 22.023 Å2 / Biso min: 7.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→29.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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