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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z6q | |||||||||
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タイトル | Structure of H200N variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with HPCA at 1.57 Ang resolution | |||||||||
![]() | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / 2-His-1-carboxylate facial triad / oxygen activation / acid-base catalysis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. 著者: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 610.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 502 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4z6lC ![]() 4z6mC ![]() 4z6nC ![]() 4z6oC ![]() 4z6pC ![]() 4z6rC ![]() 4z6sC ![]() 4z6tC ![]() 4z6uC ![]() 4z6vC ![]() 4z6wC ![]() 4z6zC ![]() 3ojtS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41731.277 Da / 分子数: 4 / 変異: H200N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1609分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DHY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DHY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-P6G / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 13% PEG6000, 0.1M calcium acetate, 0.1M MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→45.691 Å / Num. all: 217448 / Num. obs: 217448 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 9.359 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 985392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OJT 解像度: 1.57→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1505 / WRfactor Rwork: 0.1272 / FOM work R set: 0.8921 / SU B: 2.898 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / SU Rfree: 0.0682 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.22 Å2 / Biso mean: 19.323 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→45.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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