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- PDB-4z48: Crystal structure of a DUF1329 family protein (DESPIG_00262) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z48
タイトルCrystal structure of a DUF1329 family protein (DESPIG_00262) from Desulfovibrio piger ATCC 29098 at 1.75 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Biology / Unknown Function / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Putative outer membrane lipoprotein-sorting protein / Outer membrane lipoprotein-sorting protein / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / IODIDE ION / Outer membrane lipoprotein-sorting protein
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio piger ATCC 29098 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a DUF1329 family protein (DESPIG_00262) from Desulfovibrio piger ATCC 29098 at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation_author / entity_src_gen ...citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00913
ポリマ－57,7892
非ポリマー1,22111
水9,998555
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3115
ポリマ－28,8941
非ポリマー4164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6998
ポリマ－28,8941
非ポリマー8047
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 56.340, 65.560
Angle α, β, γ (deg.)100.710, 97.040, 109.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 28894.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio piger ATCC 29098 (バクテリア)
遺伝子: DESPIG_00262 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: B6WQE2

-
非ポリマー , 5種, 566分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2000M Sodium Iodide, 20.0000% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.549 Å / Num. all: 53315 / Num. obs: 53315 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 6.437 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 209473
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.840.5830.5041.51538038920.2930.5830.50412.294.2
1.8-1.8440.4840.4191.81523338550.2430.4840.4192.594.7
1.84-1.93.90.4290.3712.11442136540.2160.4290.3712.694.7
1.9-1.963.70.2660.2282.91334535800.1350.2660.228494
1.96-2.0240.2260.1953.81398135290.1130.2260.1954.795.1
2.02-2.0940.1760.1524.91348434010.0880.1760.1525.895.5
2.09-2.1740.1540.1335.51295032680.0770.1540.1336.795.4
2.17-2.263.80.1420.1224.91201831450.0720.1420.1228.695.2
2.26-2.363.90.1360.11861170730200.0690.1360.1187.494.9
2.36-2.4740.1160.10171136228730.0580.1160.1018.896
2.47-2.6140.1090.0947.31103427840.0550.1090.0949.996.3
2.61-2.7740.0950.0828.31045626360.0480.0950.08211.696.4
2.77-2.9640.0820.0719.4979924690.0410.0820.07113.196.9
2.96-3.240.0780.0689.8909422940.0390.0780.06815.196.9
3.2-3.540.0630.05411.9852721520.0310.0630.05417.997
3.5-3.9140.0590.05113765319350.0290.0590.05119.597.4
3.91-4.5240.0580.05113665716810.0290.0580.0512097.3
4.52-5.5340.0590.05112.2576814590.030.0590.05119.697.8
5.53-7.833.90.0870.0768.9435411060.0440.0870.07617.797.9
7.83-27.5493.90.080.0699.522505820.0410.080.06919.492.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→27.549 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9446 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9254 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). 4. IODINE (IOD), SODIUM (NA), CHLORIDE (CL) AND PEG FRAGMENTS MODELED ARE PRESENT IN PROTEIN OR CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 2671 5.07 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
obs0.2122 52699 94.55 %-
原子変位パラメータBiso max: 99.99 Å2 / Biso mean: 32.5168 Å2 / Biso min: 11.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3375 Å2-0.4968 Å20.8796 Å2
2---0.3362 Å2-0.7848 Å2
3---1.6736 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 0 26 555 4519
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1945SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes589HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4068HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion495SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4864SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4068HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5489HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 218 5.62 %
Rwork0.1806 3658 -
all0.1828 3876 -
obs--94.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6458-0.10390.45010.56520.03091.098-0.0422-0.07820.06680.03170.0317-0.0076-0.1066-0.00210.0105-0.11570.01740.00630.1983-0.0806-0.0978-18.172441.125975.4023
20.82860.05670.42040.7227-0.13071.48420.01270.0425-0.1154-0.0360.09160.0202-0.0111-0.1235-0.1042-0.13020.01240.00860.1891-0.0661-0.1098-4.712628.429842.3124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|29 - 268}A29 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2{B|29 - 268}B29 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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