PDB-4z2r: Crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from Pseud...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z2r

タイトル

Crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from Pseudomonas azelaica

要素

2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / flavin dependent oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Fishman, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
著者: Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Shahar, A. / Adir, N. / Fishman, A.

履歴

登録	2015年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月28日	Group: Database references
改定 2.0	2020年11月18日	Group: Atomic model / Structure summary / カテゴリ: atom_site / struct / Item: _atom_site.occupancy / _struct.title
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z2r.cif.gz	246.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z2r.ent.gz	195.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z2tC 4z2uC 5brtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z2u-2 4z2t-1 4z2u-1 4cy8-d 4z2t-2 5brt-1 5brt-2 4cy6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
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1

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
262 kDa, 4 ポリマー
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2

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
262 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	154.350, 131.490, 79.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-969- HOH

#1: タンパク質	2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase 分子量: 64665.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア) 遺伝子: hbpA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06647
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.56 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→43.95 Å / Num. obs: 67249 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	R_merge(I) obs: 0.081

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→29.271 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	3408	5.07 %
R_work	0.2336	-	-
obs	0.2348	67211	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.826 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4971 Å²	-0 Å²	1.1516 Å²
2-	-	-2.5647 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.0618 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8680	0	106	636	9422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	8985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.97	12198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.881	3260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.167	1341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3328	0.3525	129	0.297	2569	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3328-2.3677	0.3537	122	0.2763	2570	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3677-2.4046	0.37	150	0.2821	2604	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4046-2.444	0.3097	145	0.2797	2550	X-RAY DIFFRACTION	95
2.444-2.4862	0.2979	135	0.2575	2607	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4862-2.5313	0.3109	135	0.2812	2621	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5313-2.58	0.2961	143	0.2773	2587	X-RAY DIFFRACTION	95
2.58-2.6326	0.3128	116	0.2682	2622	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6326-2.6898	0.2936	128	0.2631	2634	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6898-2.7524	0.3031	134	0.2561	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7524-2.8211	0.2674	147	0.2419	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8211-2.8974	0.26	149	0.2474	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8974-2.9825	0.2552	149	0.2464	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9825-3.0787	0.2636	152	0.2355	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0787-3.1886	0.2657	143	0.2372	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1886-3.3161	0.2397	150	0.2271	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3161-3.4668	0.2584	154	0.232	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4668-3.6493	0.2527	131	0.2223	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6493-3.8774	0.2251	145	0.2131	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8774-4.176	0.2318	151	0.1987	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
4.176-4.5948	0.1845	153	0.1714	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5948-5.2564	0.2031	158	0.1821	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2564-6.6099	0.2593	157	0.2437	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6099-29.2737	0.2857	132	0.2651	2776	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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