PDB-4z29: Crystal structure of the magnetobacterial protein MtxA C-terminal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z29

タイトル

Crystal structure of the magnetobacterial protein MtxA C-terminal domain

要素

Magnetotaxis protein MtxA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / MtxA / TPR / Big

機能・相同性

Magnetotaxis protein MtxA

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Davidov, G.

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the magnetobacterial protein MtxA C-terminal domain reveals a new sequence-structure relationship.
著者: Davidov, G. / Muller, F.D. / Baumgartner, J. / Bitton, R. / Faivre, D. / Schuler, D. / Zarivach, R.

履歴

登録	2015年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z29.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z29.ent.gz	118.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z29_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z29_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	4z29_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4z29_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4z79-d 6erz-2 4z8g-d 3bs1-d 5ckk-d 4kji-d 4ljq-1 4ljq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Magnetotaxis protein MtxA

B: Magnetotaxis protein MtxA

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnetotaxis protein MtxA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Magnetotaxis protein MtxA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.344, 88.954, 95.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 137 - 304 / Label seq-ID: 137 - 304

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Magnetotaxis protein MtxA 分子量: 34821.816 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 25-313 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: mtxA, MGR_0208 / プラスミド: pET-51b(+)Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TUL6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.0, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 22793 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 6.753 / Net I/av σ(I): 44.316 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 266426

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.03-2.07	4.9	0.659	1000	3.649	91.3
2.07-2.1	5.7	0.609	1075	3.185	94.5
2.1-2.14	6.4	0.591	1110	2.814	98.2
2.14-2.19	7.2	0.513	1108	4.958	99.7
2.19-2.23	8.4	0.442	1147	3.753	100
2.23-2.29	9.8	0.443	1122	5.711	100
2.29-2.34	12.4	0.423	1130	4.906	100
2.34-2.41	13.8	0.402	1140	7.767	100
2.41-2.48	14	0.344	1127	6.614	100
2.48-2.56	14.1	0.323	1145	8.409	100
2.56-2.65	14.3	0.295	1131	7.152	100
2.65-2.76	14.3	0.257	1128	8.828	100
2.76-2.88	14.2	0.222	1162	6.469	100
2.88-3.03	14.1	0.186	1134	7.98	100
3.03-3.22	13.9	0.146	1145	5.846	100
3.22-3.47	13.7	0.121	1167	5.002	100
3.47-3.82	13.5	0.105	1160	6.228	100
3.82-4.37	13	0.093	1181	6.731	100
4.37-5.51	12.3	0.091	1196	8.264	99.9
5.51-50	12	0.085	1285	11.27	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
ARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.03→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.2231 / WR_factor R_work: 0.1819 / FOM work R set: 0.8588 / SU B: 7.993 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.2001 / SU R_free: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1167	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1848	-	-	-
obs	0.1869	21471	98.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.62 Å² / B_iso mean: 42.506 Å² / B_iso min: 12.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2634	0	0	140	2774
B_iso mean	-	-	-	33.69	-
残基数	-	-	-	-	345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.961	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	3	5966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.125	5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.165	24.274	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.289	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.253	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.198	2.494	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.198	2.491	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.195	3.718	1734

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9275 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.027→2.079 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	71	-
R_work	0.217	1357	-
all	-	1428	-
obs	-	-	86.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0181	0.3548	0.34	0.7267	0.1192	0.9014	0.0082	-0.0751	0.1429	0.0747	-0.0557	0.0525	-0.0296	-0.0149	0.0475	0.0248	0.0023	0.0043	0.038	-0.0266	0.0313	13.9871	78.5159	13.2872
2	1.7186	-1.2057	0.1247	4.1659	1.0163	2.8177	-0.0113	0.0366	0.1103	-0.8791	0.0404	-0.3293	-0.6227	0.2031	-0.029	0.3301	-0.0793	0.0568	0.0719	-0.0334	0.0745	23.3752	98.4678	16.2376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	136 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	137 - 305

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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