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- PDB-4z26: Mimivirus R135 (residues 51-702) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z26
タイトルMimivirus R135 (residues 51-702)
要素Putative GMC-type oxidoreductase R135
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / FAD / fiber
機能・相同性
機能・相同性情報


choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / 酸化還元酵素 / host cell membrane / virion component / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative GMC-type oxidoreductase R135
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.915 Å
データ登録者Klose, T. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Mimivirus Enzyme that Participates in Viral Entry.
著者: Klose, T. / Herbst, D.A. / Zhu, H. / Max, J.P. / Kenttamaa, H.I. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2015年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32015年6月17日Group: Database references
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GMC-type oxidoreductase R135
B: Putative GMC-type oxidoreductase R135
C: Putative GMC-type oxidoreductase R135
D: Putative GMC-type oxidoreductase R135
E: Putative GMC-type oxidoreductase R135
F: Putative GMC-type oxidoreductase R135
G: Putative GMC-type oxidoreductase R135
H: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)577,12816
ポリマ－570,8438
非ポリマー6,2848
水12,592699
1
A: Putative GMC-type oxidoreductase R135
B: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,2824
ポリマ－142,7112
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area43520 Å2
手法PISA
2
C: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子

D: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,2824
ポリマ－142,7112
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area43440 Å2
手法PISA
3
E: Putative GMC-type oxidoreductase R135
H: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,2824
ポリマ－142,7112
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7910 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
4
F: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子

G: Putative GMC-type oxidoreductase R135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,2824
ポリマ－142,7112
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.318, 240.503, 295.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative GMC-type oxidoreductase R135


分子量: 71355.430 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 51-702 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_R135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UPL2, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8000, ammonium formate, 1-n-Butyl-3-methylimidazolium n-octylsulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→29.909 Å / Num. obs: 158141 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.91→2.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z24

4z24


解像度: 2.915→29.909 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 7578 5.01 %Thin shells
Rwork0.1652 ---
obs0.1676 151187 95.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.915→29.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40061 0 424 699 41184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00941509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25456684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.37914854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9147-2.94780.36171230.30393153X-RAY DIFFRACTION63
2.9478-2.98240.32881800.25274981X-RAY DIFFRACTION98
2.9824-3.01880.30425380.23794554X-RAY DIFFRACTION98
3.0188-3.0570.309680.23525062X-RAY DIFFRACTION99
3.057-3.09710.30094740.23294638X-RAY DIFFRACTION98
3.0971-3.13950.40510.22435114X-RAY DIFFRACTION98
3.1395-3.18430.2824750.21864696X-RAY DIFFRACTION98
3.1843-3.23180.011310.21415106X-RAY DIFFRACTION98
3.2318-3.28220.28634770.22084656X-RAY DIFFRACTION98
3.2822-3.3360.511520.21535095X-RAY DIFFRACTION98
3.336-3.39340.24754750.1964674X-RAY DIFFRACTION98
3.3934-3.45510.359630.19415096X-RAY DIFFRACTION98
3.4551-3.52140.25394760.19024636X-RAY DIFFRACTION98
3.5214-3.59320.259420.17815112X-RAY DIFFRACTION98
3.5932-3.67120.23644770.16854608X-RAY DIFFRACTION98
3.6712-3.75640.21863390.16824813X-RAY DIFFRACTION97
3.7564-3.85020.20631360.16254923X-RAY DIFFRACTION97
3.8502-3.9540.20474750.15424630X-RAY DIFFRACTION97
3.954-4.07010.001210.14585126X-RAY DIFFRACTION97
4.0701-4.20110.18784770.14564599X-RAY DIFFRACTION97
4.2011-4.35090.20110.13125066X-RAY DIFFRACTION96
4.3509-4.52450.16754750.12254603X-RAY DIFFRACTION97
4.5245-4.72970.124820.11855054X-RAY DIFFRACTION96
4.7297-4.97790.16574740.11874599X-RAY DIFFRACTION96
4.9779-5.28820.307820.12745077X-RAY DIFFRACTION96
5.2882-5.6940.17734750.13484593X-RAY DIFFRACTION95
5.694-7.15750.18444750.13174581X-RAY DIFFRACTION94
7.1575-29.91020.12794740.13834635X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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