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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z1x | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of LAGLIDADG homing endonuclease I-GzeII in complex with DNA target | |||||||||
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![]() | Hydrolase/DNA / HYDROLASE-DNA complex / LAGLIDADG homing endonuclease meganuclease | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stoddard, B.L. / Lambert, A.R. / Kulshina, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of LAGLIDADG homing endonuclease I-GzeII in complex with DNA target 著者: Stoddard, B.L. / Lambert, A.R. / Kulshina, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qqyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8445.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA鎖 | 分子量: 8147.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: タンパク質 | 分子量: 34646.625 Da / 分子数: 2 / Mutation: L96K, I104N, L154K, V202S, I203N, V211N, L313K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nad2 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% PEG 6000 0.1M HEPES pH 7.5 2mM CaCl2 26bp duplex DNA with single base 3' overhang |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→115.526 Å / Num. obs: 20664 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 90 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QQY 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2273 / WRfactor Rwork: 0.1667 / FOM work R set: 0.8254 / SU B: 29.61 / SU ML: 0.278 / SU R Cruickshank DPI: 0.2854 / SU Rfree: 0.3965 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 196.96 Å2 / Biso mean: 41.118 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.794→2.866 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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