PDB-4z08: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z08

タイトル

Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 KE07 design

要素

de novo designed kemp eliminase KE07

キーワード

DE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 KE07 design
著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.

履歴

登録	2015年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z08.cif.gz	116.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z08.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rkxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d2v-d 1i6n-d 5d2t-d 4hgx-2 6c7v-d 5d30-d 1vh7-d 2rkx-d 6c7t-d 5d2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: de novo designed kemp eliminase KE07

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.220, 97.220, 156.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	de novo designed kemp eliminase KE07 分子量: 29159.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) 参照: 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% (W/V) PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5, 0.2M NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.3 Å / Num. obs: 41000 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.4 % / R_sym value: 0.125 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless	1.7.6	データスケーリング
MOLREP	11.1.00	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2RKX

2rkx

解像度: 1.8→40.649 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2673	2062	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2217	-	-	-
obs	0.2239	41000	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.649 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1971	0	0	155	2126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2053
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.707	2774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.243	762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8419	0.4233	135	0.4302	2510	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8419-1.8879	0.5151	144	0.4931	2484	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8879-1.939	0.425	143	0.3835	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.996	0.3227	153	0.2936	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0605	0.3028	124	0.2638	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.1341	0.2639	131	0.2404	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.2195	0.3186	133	0.2595	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.3206	0.3306	137	0.2952	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.4429	0.2698	147	0.2331	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5959	0.2828	129	0.2325	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.7963	0.2796	116	0.228	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7963-3.0776	0.3	149	0.2156	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0776-3.5227	0.2295	147	0.1977	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5227-4.4374	0.2066	149	0.1675	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4374-40.6589	0.2237	125	0.1764	2873	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8223	0.6977	-1.1012	4.5067	0.4264	3.3451	-0.2344	0.4403	-0.2611	-0.5267	0.2954	-1.0934	0.3543	0.5965	-0.0416	0.4063	-0.0075	0.0642	0.3444	-0.0704	0.4676	-8.1842	-24.2083	-19.9724
2	4.0113	-0.4137	-0.5451	4.1329	0.5396	1.8013	0.0331	0.2382	-0.1946	-0.5861	-0.0841	-0.529	0.1914	0.0198	0.0736	0.4056	-0.0394	0.0369	0.2575	-0.0085	0.2944	-11.1498	-20.6296	-20.7029
3	2.9452	-1.7382	-0.642	5.0187	0.0428	2.453	0.0348	0.2302	0.3763	-0.579	0.1394	-0.7451	-0.1148	0.287	-0.1502	0.2785	-0.0671	0.0282	0.2703	0.0239	0.3242	-9.5792	-8.0892	-16.5021
4	1.7697	0.9646	-0.5076	2.2927	-0.672	1.5479	-0.0567	0.0609	0.138	0.0633	0.0372	-0.13	0.0491	-0.0589	0.0052	0.2301	-0.0192	-0.0538	0.1346	0.0102	0.1816	-20.1922	-10.4541	-5.844
5	1.9499	0.0584	0.6212	2.7921	0.1618	2.4064	0.0187	-0.2971	-0.1174	0.3126	0.003	0.1207	0.26	-0.2932	-0.0172	0.2816	-0.0559	-0.0472	0.2191	0.0017	0.1888	-21.7152	-17.9151	5.2748
6	0.9893	0.0152	0.1517	2.8722	1.2879	1.9321	-0.0135	-0.0092	-0.2648	0.2652	0.1086	-0.339	0.5043	-0.086	-0.0744	0.3508	-0.0691	-0.0651	0.1745	-0.0007	0.2868	-19.1784	-26.9299	-4.9397
7	1.6507	0.242	-0.1342	1.3968	0.5706	1.046	-0.0651	0.1501	-0.2904	0.006	-0.0336	0.0975	0.3518	-0.1804	0.114	0.3155	-0.1042	-0.0484	0.2129	-0.0048	0.2544	-25.8419	-28.3947	-8.3238
8	3.8035	1.3774	0.3027	3.3943	0.3462	0.9344	-0.1734	0.3746	-0.3703	-0.4303	0.1641	-0.5311	0.3532	0.0287	0.0819	0.4734	-0.0727	0.0412	0.2965	-0.0878	0.3485	-17.3753	-33.9415	-20.8686
9	1.6404	2.0629	-1.9114	2.7855	-2.6613	2.5326	0.1475	0.121	0.8085	-0.6334	-0.1775	0.5477	-0.0365	-0.0989	0.1507	0.5068	-0.0786	-0.0656	0.4053	0.0409	0.6107	-27.1257	-21.5715	-26.1809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 164 through 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 184 through 223 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 224 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 263 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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