PDB-4yzz: Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yzz

タイトル

Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (IPR025997) from Bordetella bronchiseptica RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and picolinate bound active site versus apo site

要素

TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

organic acid transport / tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / organic acid binding / transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TRAP transporter solute binding protein (IPR025997) from Bordetella bronchiseptica RB50 (BB0280, TARGET EFI-500035) mixed occupancy dimer, copurified calcium and ...
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...

履歴

登録	2015年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yzz.cif.gz	399 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yzz.ent.gz	326.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yzz_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yzz_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	4yzz_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	4yzz_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yicS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mj2-1 4kgl-1 2hzk-2 4obr-2 6j1i-d 6i6x-2 6j1g-d 3n3m-d 4pet-d 2v45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510035

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN

D: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.249, 50.104, 96.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質	TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 40236.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BORDETELLA BRONCHISEPTICA (気管支敗血症菌) 株: RB50 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3LP08*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 925分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-6PC / PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / PICOLINIC ACID / ピコリン酸分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₂
#5: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1mM CaCl2, 1 mM Picolinic Acid); Reservoir (MCSG2 (E8) 0.1 M CHES pH 9.5, 20 %(w/v) PEG 8000); Cryoprotection (20% diethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→25.42 Å / Num. obs: 138836 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.57 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 526365 / Scaling rejects: 82

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.3-1.32	3.3	0.583	2.1	19267	5808	0.797	0.358	80.6
7.12-25.42	3.4	0.029	31	2790	818	0.998	0.018	87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YIC

4yic

解像度: 1.3→24.198 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.163	6812	4.91 %
R_work	0.1388	131982	-
obs	0.14	138794	94.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.62 Å² / B_iso mean: 14.725 Å² / B_iso min: 6.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→24.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5240	0	37	920	6197
B_iso mean	-	-	15.57	25.42	-
残基数	-	-	-	-	672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	7444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	767
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.229	1994

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2733	190	0.2593	3606	3796	78
1.3148-1.3302	0.2821	201	0.2566	4057	4258	89
1.3302-1.3465	0.282	234	0.2388	4299	4533	93
1.3465-1.3635	0.2505	193	0.2311	4346	4539	94
1.3635-1.3814	0.2279	235	0.2242	4349	4584	94
1.3814-1.4004	0.2306	212	0.2167	4339	4551	94
1.4004-1.4204	0.2209	228	0.2056	4324	4552	94
1.4204-1.4416	0.2212	215	0.197	4342	4557	94
1.4416-1.4641	0.1837	213	0.1937	4404	4617	95
1.4641-1.4881	0.1948	212	0.1787	4379	4591	95
1.4881-1.5137	0.2016	225	0.1666	4372	4597	95
1.5137-1.5413	0.1942	239	0.1559	4354	4593	95
1.5413-1.5709	0.1581	231	0.144	4434	4665	95
1.5709-1.603	0.1659	216	0.1443	4390	4606	95
1.603-1.6378	0.1919	220	0.1386	4402	4622	95
1.6378-1.6759	0.1671	245	0.1357	4429	4674	96
1.6759-1.7178	0.1763	216	0.1362	4439	4655	96
1.7178-1.7642	0.1649	221	0.1358	4422	4643	96
1.7642-1.8161	0.1592	225	0.1325	4495	4720	96
1.8161-1.8747	0.1485	241	0.1268	4411	4652	96
1.8747-1.9417	0.1617	269	0.1225	4473	4742	97
1.9417-2.0194	0.1294	240	0.1183	4473	4713	97
2.0194-2.1113	0.1426	255	0.1152	4447	4702	97
2.1113-2.2225	0.1299	230	0.1119	4538	4768	97
2.2225-2.3617	0.1325	252	0.1108	4513	4765	97
2.3617-2.5438	0.1397	248	0.1177	4541	4789	98
2.5438-2.7995	0.1477	250	0.1226	4546	4796	98
2.7995-3.2038	0.1654	199	0.1302	4630	4829	98
3.2038-4.0334	0.1476	220	0.1219	4649	4869	98
4.0334-24.2024	0.1499	237	0.1307	4579	4816	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4192	-0.0925	-0.1002	0.3814	0.1528	0.1282	0.0007	-0.1126	0.1098	0.0204	0.0169	-0.0239	-0.0828	0.0116	0.0001	0.1029	-0.0007	-0.003	0.1154	-0.0123	0.1025	23.5945	10.2911	36.127
2	0.2606	0.0805	0.124	0.129	-0.0981	0.2417	0.0085	-0.1075	0.136	0.0003	0.0084	-0.0441	-0.0681	0.0773	0	0.1185	-0.0093	-0.0011	0.136	-0.0165	0.1217	31.9526	7.7227	35.6582
3	0.333	-0.106	0.1206	0.3042	0.1038	0.4954	-0.002	-0.0464	-0.0381	0.0166	0.0205	-0.0167	0.0172	0.0468	0	0.0822	0.005	0.0013	0.0866	0.0067	0.0861	25.0786	-6.7023	28.9144
4	0.7659	-0.1013	-0.0065	0.5193	-0.1041	0.4733	-0.0055	0.0319	0.0269	0.0124	0.0001	-0.0395	-0.0355	0.0642	-0	0.1043	-0.0105	-0.0032	0.1006	0.002	0.0901	30.5536	3.6202	9.1879
5	0.478	-0.0441	0.0733	0.189	0.1572	0.1674	-0.0282	-0.0014	0.0293	-0.0149	0.0165	0.0014	-0.0159	0.0128	0	0.0825	-0.0003	0.0004	0.0694	0.002	0.0867	25.5864	2.0399	22.1852
6	0.4141	-0.0283	-0.1481	0.158	0.204	0.2928	0.0071	-0.0185	0.0518	-0.0162	0.0206	0.0088	-0.0624	-0.0395	0	0.0839	0.0036	0.0021	0.0835	-0.0016	0.0878	15.415	7.8145	25.8219
7	0.4474	0.1697	-0.1441	0.3354	0.2019	0.4205	0.0539	0.0853	-0.0929	-0.1175	-0.044	0.0857	0.0801	0.045	-0	0.1046	0.0021	-0.006	0.1024	-0.0157	0.0974	25.0918	-9.6269	7.7992
8	0.1563	-0.0005	-0.1441	0.2859	0.036	0.1366	0.018	0.0519	-0.2098	-0.0202	-0.0424	0.0654	0.0842	-0.0141	-0.0001	0.1098	0.0067	0.0084	0.0901	0.0024	0.1296	16.276	-16.6937	20.2817
9	0.6015	-0.1305	0.2536	0.0974	0.0498	0.3127	-0.055	0.1981	0.1885	-0.0101	-0.0527	-0.1184	-0.1262	0.0654	-0.019	0.1011	-0.0044	-0.0063	0.1302	0.0168	0.1115	0.3745	0.6803	9.1051
10	0.639	0.0625	-0.1063	0.4937	0.1483	0.4446	0.0111	-0.1019	-0.0433	0.0388	-0.0061	0.0236	0.0457	-0.0622	0	0.0992	-0.0071	0.0035	0.1023	-0.005	0.0896	-4.26	0.2659	42.7319
11	0.3913	0.0166	-0.0107	0.0282	0.0118	0.5125	0.0052	0.0057	0.0201	0.0004	-0.0029	0.0137	-0.0146	-0.0333	0	0.0852	0.0003	-0.0036	0.0841	-0.0008	0.0937	-3.9555	3.925	24.5948
12	0.4939	-0.1852	0.0615	0.2994	-0.125	0.2137	0.0067	-0.124	-0.0584	0.0743	0.0116	0.0379	-0.0242	-0.0344	0	0.0977	-0.0167	-0.0041	0.1235	-0.0053	0.1003	-16.1552	-12.2705	21.1994
13	0.3636	0.0905	0.1103	0.1192	0.1152	0.4359	-0.0019	-0.0037	-0.0392	-0.0015	0.0226	0.0093	0.0228	-0.0034	0	0.0841	-0.0065	-0.0018	0.0874	-0.0057	0.0936	0.4911	-3.265	30.7124
14	0.4442	0.23	0.2704	0.1981	0.0493	0.5695	-0.0006	0.0688	0.0063	-0.0686	-0.0229	0.0537	0.0073	-0.0092	-0.0005	0.0848	-0.0116	-0.0021	0.0976	0.0058	0.0966	-11.2967	-0.3538	11.4037
15	0.6627	0.043	-0.279	0.0413	0.1138	0.5262	0.0319	0.1362	0.0297	-0.0445	-0.0284	-0.0004	0.0192	-0.0357	0	0.0916	-0.0048	-0.0036	0.0971	-0.0004	0.1179	4.6145	3.1359	13.3144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 64 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 89 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 154 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 155 through 226 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 260 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 261 through 295 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 296 through 326 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 327 through 349 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 350 through 366 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 31 through 107 )	D
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 108 through 169 )	D
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 170 through 230 )	D
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 231 through 295 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 296 through 325 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 326 through 366 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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